Бесспорным автором первой датированной книги является Иван Федоров, дьякон кремлевской церкви Николы Гостунского, работавший на Печатном дворе вместе с Петром Мстиславцем. Книга начала печататься 19 апреля 1563 г. и была выпущена в свет 1 марта 1564 г., через 120 лет после Гутенберга. Это был «Апостол» – часть Библии, где рассказывается о жизни и деяниях апостолов, учеников Христа. «Апостол» был высокохудожественным произведением искусства, оказавшим большое влияние на последующую историю книгопечатания и даже на создание рукописных книг.
После выпуска «Апостола» оба первопечатника успели напечатать «Часовник» (сборник молитв, служивший и учебником), но дальнейшая работа мастеров стала невозможной: они были вынуждены покинуть Печатный двор, да и вообще Москву навсегда. Сам Иван Федоров так рассказывал об этом событии: «От земля и от отечества и от рода нашего изгна и в ины страны незнаемы пересели», так как «презелнаго ради озлобления часто случающегося нам не от самого того государя, но от многих начальник, и священно началник, и учитель, которые на нас зависти ради многия ереси умышляли, хотячи благое в зло превратити и Божие дело вконец погубити». На печатников ополчились ревнители старины, не желавшие никаких реформ и видевшие в исправлении богослужебных книг покушение на жизненные основы. Федоров и Мстиславец смогли увезти с собой гравированные доски и, оказавшись в Польше, продолжить книгопечатание.
Нам ничего не известно о ранней истории Печатного двора, так как документы его сгорели в пожар 1626 г. Можно утверждать, что в 60-х гг. XVI столетия он находился на этом же месте на Никольской: иностранец, опричник Генрих Штаден, бывший в Москве в 1565–1570 гг., рассказывает в своих записках, что по направлению Никольской за Земским двором находился Печатный двор, а в челобитной типографщика Анисима Радишевского, датируемой 1588 г., сообщается, что «двора-де у него нет, живет на Печатном дворе».
Как и многие другие строения в Китай-городе, Печатный двор на Никольской сгорел в 1611 г. во времена Смуты: «Таковое доброе дело печатный дом и вся штанба того печатного дела от тех супостат разорися и огнем пожжена бысть и погибе до конца и не остася ничтоже такового орудия».
После освобождения Москвы от польских войск типографию восстановили сначала в Кремле, в дворцовой набережной палате, а на старом месте, на Никольской улице, в это время производился ремонт старых и строительство новых помещений. Сюда Печатный двор переезжает в 1620 г. Он интенсивно работал на протяжении XVII в. и первой половины XVIII в., превратившись в большое предприятие с несколькими типографскими станами и наемными рабочими. На Московском Печатном дворе работали известные типографщики Андроник и Иван Невежи, Анисим Радишевский и Аникита Фофанов, были выпущены «Азбуки», пользовавшиеся большим спросом, популярные учебники «Грамматика» Смотрицкого и «Арифметика» Магницкого, «Уложение», «Букварь», «Таблицы логарифмов». Тут же печаталась