Тем временем вице-король вернулся в Мессину и погрузил еще четыре тысячи человек на 50 лучших галер. 13 сентября, находясь в районе Сиракуз, он заметил флот турок, вероятно направлявшийся домой. Он сразу высадил войска на берег и двинулся к Мальте, чтобы забрать те войска, которые были там. Необходимости в них больше не было, а их присутствие могло лишь усложнить снабжение острова продовольствием. 17-го, оставив две мальтийские галеры, он направился к побережью Греции в надежде перехватить часть неприятельского флота. 21-го числа, находясь у островов Стривали, что к югу от Занте, вице-король услышал, что турки уже были на Занте и 50 их галер направились на юг. Все еще надеясь перехватить вражеские корабли, он повел флот к Цериго (Китира), куда прибыл 23 сентября. Было замечено несколько турецких кораблей, но большая часть флота находилась или в архипелаге, или под защитой орудий Модона. 1 октября вице-король отказался от дальнейших попыток и 7 октября вернулся в Мессину.
Не добившись успеха на Мальте, султан обратил свой взор на север и возобновил войну в Венгрии. В мае 1566 года он лично возглавил армию, но во время осады Сегеда (Сигета) умер. Его преемник, Селим II, продолжал войну с императором еще год, а потом, вознамерившись изгнать венецианцев с Кипра, согласился на восьмилетнее перемирие.
Тем временем его флот добился еще двух успехов. В апреле 1566 года Пиали с сотней галер появился у Хиоса, сверг генуэзских правителей острова и от имени султана вступил во владение островом. После этого он направился на запад, вызвав нешуточное беспокойство на Мальте, где великий магистр начал поспешно укреплять свой новый город Валетту, или, возможно, испанские позиции на Голетте. В начале апреля вице-король Сицилии посетил оба пункта, после чего направился в Геную, чтобы принять войска и встретиться с испанскими галерами, а Дориа с 50 галерами отвез подкрепление сначала на Мальту, а потом в Голетту. Так сложились обстоятельства, что ни одно из этих двух мест не было в опасности. Турки были в районе Занте 24 июня, а 10 июля достигли Корфу. Они пренебрегли привычным обменом любезностями с венецианскими властями, но не выказали никаких враждебных намерений и 12-го снова отправились в путь в сторону Валоны. Оттуда Пиали ушел в Рагузу, чтобы потребовать удовлетворения за помощь, оказанную кораблями Рагузы при освобождении Мальты10, и дальше по Адриатике к острову Лисса, а его разведчики забрались еще дальше. Приближение турецкого флота вызвало срочную мобилизацию значительного количества венецианских галер, но пока турки довольствовались демонстрацией силы. Они вернулись в Валону и оттуда совершили набег на итальянское побережье в районе Ортоны.
В это время Гарсия де Толедо занимался в основном защитой Мальты и Голетты. Две его галеры имели столкновения с турками возле Занте 24 июля, а Дориа со своими 12 галерами – в районе Паксоса, недалеко от Корфу, 14 июля, сразу