На обратном пути Колумб сделал еще одно важное открытие: покидая Вест-Индию, необходимо править на север, чтобы выйти из полосы пассата, прежде чем предпринимать попытку пересечь Атлантический океан. Он нашел западный ветер, как это станут делать тысячи его последователей после него, приблизительно на широте острова Бермуда (Бермудские острова) и прошел далее к Азорским островам. Но, приближаясь к Европе, он попал в шторм и был вынужден искать убежище сначала на Азорских островах, а затем в реке Тежу. Здесь португальские власти потребовали от него объяснить свои действия. Памятуя о предшествующих преувеличениях итальянцев, они скептически отнеслись к его рассказу, с презрением – к его географическим аргументам, а его описание местных жителей Эспаньолы, таинос, не произвело никакого впечатления. Португальцы были встревожены недавним возрождением браконьерства андалусийцев на побережье Верхней Гвинеи, а так как обсуждался вопрос об экспедиции в Индию, то они с огромной подозрительностью отнеслись к мореходной активности испанцев в Атлантике. Король Португалии Жуан II решил заявить свои права на открытия Колумба на том основании, что они укладывались в условия Алкасовашского договора, потому что находились близко к Азорским островам, и, возможно, их даже можно было считать частью этого архипелага.
Сам Колумб утверждал и до самой своей смерти верил, что открыл острова, расположенные у побережья Восточной Азии, и, возможно, часть материка. Его вера была основана главным образом на некритическом чтении Марко Поло и Птолемея. Мы не можем быть уверены, согласовывались ли утверждения Колумба с его изначальными намерениями и обещаниями, а также в том, приняли ли их полностью Фердинанд и Изабелла. Некоторые умные современники, безусловно, не приняли; а на мысль о том, что самих моряков из экспедиции Колумба обуревали сомнения, наводит факт альтернативного названия Антильских островов – по названию Антилла, или Атлантида. Но вне всякого сомнения было то, что Колумб обнаружил обширный архипелаг ранее неизвестных островов, которые были населены мирным и покорным, хотя и примитивным народом, и там было золото. Если они окажутся стартовой площадкой на пути в Индию, то это еще лучше. Но в любом случае они стоили того, чтобы их тщательно исследовать, и решение заселить их испанцами было принято почти сразу. С этой целью Фердинанд и Изабелла начали вести переговоры и с Португалией, и с папой римским, чтобы добиться официального признания островов испанскими владениями