Каждый командующий армией завоевателей брал себе за правило либо оккупировать существующие города, либо основывать новые, добиваться, чтобы их законно признала королевская власть, и сажать своих ближайших приверженцев в кресла чиновников муниципального управления. Конечно, в большинстве своем эти города не были Мехико, Лимой или Куско. Многие из них были сначала просто временными лагерями из хижин с тростниковыми крышами, но у всех у них были необходимые черты законного объединения: власть на окружающей территории, контроль за трудом индейцев и зависимость от индейцев, снабжавших их средствами к существованию. Большинство из них быстро превратились в населенные пункты, в которых в центре жили испанцы, а на окраинах – индейцы. Солдаты армии становились vecinos (соседями), законными домовладельцами в том или ином городе, возникшем в результате завоевания, и обычно большинство из них, включая офицеров, селились в столице. В первые годы управление столицей было ключом к управлению провинцией. Из числа своих офицеров командующий назначал членов первого городского совета – cabildo из 12 regidores или членов местного совета (в маленьких городках число членов городского совета было меньше). Regidores должны были выбирать не из своей среды, а из числа всех vecinos двух alcaldes или мировых судей и вместе с ними занимать свои должности в течение года, а затем выбирать своих собственных преемников и представлять их для одобрения командующему. Выборы в этом смысле означали представление командующему списка имен, а он делал окончательный выбор. Таким образом, эти должности могли занимать люди, принадлежавшие строго к ограниченному кругу руководящих vecinos, которые также обычно были en-comenderos. На практике все было несколько иначе. Иногда человек, возглавлявший завоевание, мог получить от королевской власти полномочия назначать regidores пожизненно. Писарро, например, получил разрешение назначить троих таких пожизненных советников в calbido города Лимы, а Вальдивия пользовался такой концессией в Сантьяго. Это была редкая и ценная привилегия. Как другая крайность, в некоторых небольших городках некоторые или все regidores могли быть избраны всем сообществом домовладельцев. В Гаване, например, народные выборы были правилом приблизительно до 1570 года, а в Буэнос-Айресе – до чуть более позднего срока. Однако для испанцев в XVI веке народные выборы были опасной, полной анархии процедурой. Респектабельные граждане понимали это и ожидали, что должности будут циркулировать среди глав основных семейств региона; изначально это были военные командиры. Для завершения этой структуры сам командующий обычно просил королевского разрешения преобразовать свою собственную власть командира нерегулярной армии во власть официально назначенного губернатора, облеченного в этом качестве правом осуществлять руководство обсуждением вопросов в cabildo.
Encomienda и cabildo были основными институтами общества завоевателей в первом поколении. Однако encomienda давала очень ограниченную