Решение Синода носило очевидный запретительный характер.
В то же самое время начались характерные для советского идеологизированного сознания поиски «врагов» вовне и внутри Церкви. Внешними врагами были названы различные христианские церкви и конфессии, а также те православные, которые находятся с ними в активном диалоге. Внутренними врагами объявили приходские и катехизические практики общины (и братства) священника Георгия Кочеткова и те общины, которые вышли из круга убитого в 1990 году протоиерея Александра Меня. Их оппоненты, демонстрируя невежество в вопросах церковной истории, назвали это движение «неообновленчеством» и попытались заклеймить его как антицерковное. Официального осуждения Церкви так и не удалось добиться – епископат решил промолчать, но с этого времени идет отсчет открытого противостояния внутри Церкви между «либералами» и «консерваторами».
При всей условности этих понятий в церковном контексте существенным оставалось то, что «либералы» размышляли о практике катехизации, роли богослужения в жизни общины, а «консерваторы» считали сложившиеся практики незыблемыми, не подлежащими обсуждению и главной своей задачей видели выход в общественно-политическое пространство и формирование «православной идеологии» на основе дореволюционных форм и практик.
Некоторое время баланс сил сохранялся. Епископат в целом в этом споре старался не занимать какой-либо отчетливой позиции. Во второй половине 90-х годов консерваторы объединились вокруг газеты Константина Душенова «Русь православная», авторы которой мыслили себя «хранителями веры» и жестко критиковали не только мирян и священников, но и епископов (одним из первых – нынешнего патриарха, а тогда митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла) за «уклонение от православия» вплоть до обвинения их в ереси.
Содержание понятия «церковное возрождение» стало постепенно меняться после 2000 года, когда государство все более удалялось от демократической модели и приобретало сперва автократические, а затем и авторитарные черты. «Церковное возрождение» должно было приспособиться к этому развороту в государственной политике. Первый этап «церковного возрождения» завершился, когда работа с людьми отошла на второй план и главными задачами стали институциональное развитие Церкви, эффективное взаимодействие с государством и поиск форм государственного финансирования, а именно:
1. Формирование новой идентичности через проповедь патриотизма и традиционных ценностей в согласии с внутренней и внешней политикой государства.
2. Получение государственных средств на строительство и реставрацию, а также грантов на «социально значимые» проекты.
3. Управление