В 1944 году Постановлением ВКП(б) по идеологической работе было положено начало реформе художественного образования и академической школы, которая еще только набирала силы после разгрома дореволюционной педагогической системы в 1920-е годы. В этот период в Московском институте начинает действовать система персональных мастерских, созданных в 1939 году, а в 1942-ом производится первый выпуск студентов. В профессорско-преподавательский состав входят И. Э. Грабарь (директор и руководитель первой монументальной мастерской, совместно с Н. М. Чернышевым), С. В. Герасимов (декан живописного факультета и руководитель мастерской живописи), В. А. Фаворский, А. А. Дейнека (руководитель второй монументальной мастерской), А. А. Осмеркин (руководитель мастерской живописи), Б. В. Иогансон (зав. кафедрой живописи и руководитель мастерской), М. Д. Бернштейн (зав. кафедрой рисунка), Г. Г. Ряжский (руководитель мастерской живописи), Г. М. Шегаль (руководитель мастерской живописи), К. Н. Истомин, П. Д. Покаржевский (руководитель мастерской живописи), Д. К. Мочальский (педагог по рисунку в мастерской Г. Г. Ряжского). Профессорами на факультетах были: Н.Э. Радлов, М. С. Родионов, Н. Х. Максимов, И. И. Чекмазов, В. Н. Домогацкий, А. Т. Матвеев, Р. Р. Иодко, В. Н. Лазарев, М. В. Алпатов, Б. А. Дехтерев, М. В. Маторин, А. И. Кравченко и другие. Создаются учебные программы по живописи, рисунку и композиции в Козах (в Крыму) и в Троицком (на Оке) и организуется регулярная летняя практика для студентов. Вместе с тем пленэрно-импрессионистическая тенденция в художественных методах становится настоящим «камнем преткновения» для сторонников реформы, ожидающих от вуза большей социалистической направленности.
Петр Оссовский и Виктор Иванов были первыми выпускниками знаменитой Московской средней художественной школы и окончили ее в 1944 году. Спустя три года, в 1947 году обучение в МСХШ завершил Андрей Тутунов. Молодые художники поступают в Московский институт, но их ожидает не простой период.
В 1947 году институт официально закрепляется в ведении Академии художеств СССР. В 1948 году проводятся две первые сессии Академии, посвященные вопросам изобразительного искусства и художественного образования. Вторая майская сессия ознаменует собой начало реформы Московского института в целях исполнения Постановления ВКП(б), которая почти на два десятилетия определит его дальнейшее развитие. Деятельность вуза до 1948 года объявляется «формалистической», прежняя педагогическая работа подвергается резкой критике. Новым ректором вуза назначается Ф.А. Модоров, в период его руководства с 1948 по 1962 годы усиливается идеологическое