Обсуждение проекта новой Конституции, который был опубликован в июне 1938 года, осуществлялось в зловещей обстановке. В августе проходил открытый судебный процесс над Г.Е. Зиновьевым и Л.Б. Каменевым, и трудящиеся требовали расстрелять подсудимых «как бешеных собак». В конце сентября наркомом внутренних дел стал Н.И. Ежов, и в аппарате НКВД начались чистки.
События развивались по нарастающей. На февральско-мартовском пленуме ЦК ВКП (б) в Москве Сталин теоретически обосновал готовившийся им массовый террор. Верующие снова попадали в его жернова, поскольку «церковники», по мнению советских идеологов, являлись живыми осколками уничтоженного капитализма. Они опасны, поскольку попытаются провести своих ставленников в Верховный Совет. И с ними нужно разделаться как можно быстрее.
Первыми подверглись разгрому епархии в центральных областях России. В обстановке беспрецедентной пропагандистской кампании в течение 1937 года были арестованы десятки тысяч священнослужителей. Обычно после непродолжительного следствия их обвиняли в создании церковно-кулацких террористических групп и приговаривали к расстрелу. Вскоре волны Большого террора докатились и до периферии. Начались массовые аресты священников, членов церковных причтов и приходских советов в Средней Азии.
Епископ Лука был арестован 24 июля 1937 года и заключен в ташкентскую тюрьму. Тогда же были арестованы правящий архиепископ Борис (Шипулин), протоиерей Михаил Андреев, протодиакон Иван Середа и священники кладбищенской церкви. Все они обвинялись в участии в контрреволюционной церковно-монархической организации и шпионской деятельности. По делу, по которому был привлечен Войно-Ясенецкий, проходило еще три человека во главе с архиепископом Борисом (Шипулиным), всех их подводили под расстрельную статью.
Не выдержав давления следствия и тюремных пыток, арестованные стали оговаривать друг друга. И только Лука держался.
От него требовали не только признания в шпионаже в пользу иностранной разведки, но и в убийстве больных на операционном столе. Во время допросов он претерпел побои и издевательства. Но когда чекисты поняли, что не могут выбить нужные показания, они применили к святителю пытку «конвейером». Это страшная пытка бессонницей, которая могла продолжаться до тринадцати дней. Ее выдержали не многие. Идет непрерывный допрос, следователи сменяют друг друга, подследственного доводят до невменяемости, до умопомрачения. И в этом состоянии заставляют подписывать необходимый следствию документ.
Епископ Лука вспоминает: «Допрашивавшие чекисты сменяли друг друга,