Он является автором таких научных произведений как «Редкие и исчезающие дикие сородичи культурных растений флоры Апшерона и Гобустана», «Агроэкологические проблемы и агробиоразнообразие сельскохозяйственных систем. Радиологические и аргоэкологические исследования», «Прогноз генетической долговечности семян», «Прогностическая модель морфобиологических признаков для высокоурожайных сортов арахиса», «Сравнительное изучение пшеницы Азербайджана в полевом музее» и многие другие.
Зейнал Акперов известный в мире международный эксперт и является членом руководящего комитета программы Европейскго сотрудничества по ГРР, председателем Регионального координационного совета Южного Кавказа и центральной Азии по ГРР, председателем Научно-технического совета в составе Координационной системы по «Охране генетических ресурсов культурных растений и их рационального использования». Он заместитель академик секретарь Отделения и биологических наук НАНА, член бюро Отделения, председатель Ученого Совета по проблемам генетики и селекции сельскохозяйственных растений и животных. Национальный координатор по международной Конвенции Биоразнообразия, Национальный координатор по ГРР Продовольствия и Сельского хозяйства (ГРРПСХ), Национальный координатор Мировой информации и Системы Раннего предупреждения ФАО, а также член редколлегий журнала Вестник НАНА, журнала «Аграрная наука Азербайджана», член Экспертного совета Министерства сельского хозяйства по представлению субсидий на приобретение семян и посевного материала, главный редактор научных трудов Института Генетических ресурсов НАНА, член общества «Сохранение Биоразнообразия».
На протяжении более 30 лет Зейнал Акперов исследует такие актуальные аспекты проблем как охрана и рациональное использование биологических ресурсов, разработка научных основ сбора, сохранения, восстановления и использования в селекции генетического разнообразия национальных растительных ресурсов. В результате исследований построены модельные схемы, в которых показаны направления, сформулированы основные принципы и систематизированы задачи по этапной организации управления научной и практической деятельности в области охраны и рационального использования генетических ресурсов растений.
Другая часть научной деятельности посвящена исследованию генетического разнообразия растительных ресурсов в in situ условиях. Дана биоэкологическая характеристика экспедиционных сборов образцов