Появление в VII века нового врага с Востока опять выдвинуло проливы на арену исторической жизни. Воинствующий ислам подошел к проливам, но напряжение всех сил, сделанное Византией, на первый раз спасло ее. Однако она утеряла большинство своих азиатских провинций, в том числе и Святую землю.
После разделения Церквей стремление освободить Гроб Господень из рук мусульман и религиозное движение, возникшее в Европе, разразились рядом Крестовых походов, которые принесли больше тревог, чем обезопасили христианский мир от агрессивных соседей. В 1206 году Византия почти вся была занята французскими крестоносцами, которые основали Латинское королевство и дали своим союзникам венецианцам право и возможность основывать по всем берегам укрепленные торговые фактории. В 1261 году византийцы прогнали западных рыцарей, но не могли совсем прогнать венецианцев и, чтобы создать их влиянию противовес, дали одинаковые права их соперникам – генуэзцам. Большая квадратная башня у галлиполийского порта имеет древнегреческие фундаменты, но вся ее надстройка сделана, вероятно, генуэзцами.
Им же принадлежит сооружение обеих маленьких гаваней и возвышавшейся на соседнем холме цитадели, остатки которой покрывают его до сих пор. Об этом говорят кладка стен и характерный план ограды с зачатками бастионов, обычных у генуэзцев в XIV–XV вв.
Дальнейшая борьба Византии с турками привела к постепенному падению обессиленной империи: в 1353 году отважный сын султана Орхана, Гази Сулейман-паша, произвел внезапную высадку в Галлиполи и занял замок. Высадка происходила близ нынешнего маяка. Памятниками этой высадки являются столб, стоящий на камне у берега – на месте, где был убит первый высадившийся турок, и стоящая наверху лагерная мечеть – на месте первого турецкого лагеря. Последняя интересна тем, что имеет лишь одну стену с двумя кафедрами и кибле, то есть местом молитвы, обращенным к Мекке. Недостающие стены заменились огромным шатром. Камни для постройки мечети использовались с греческих домов в Галлиполи, о чем свидетельствуют сохранившиеся осколки с орнаментами.
После занятая Галлиполи турки неудержимой волной разлились по Балканскому полуострову, и в 1453 году, наконец, пал Константинополь. Проливы обратились во внутренние турецкие воды. Однако материальное благосостояние местного населения от этого скорее выиграло, – внутри Турции долго царила тишина, и торговля и земледелие достигли цветущего состояния. Памятником той эпохи в Галлиполи