Программу реформ поддержал Алексей Михайлович. Камнем преткновения стал вопрос исправления богослужебных книг, где в ходе переписывания накопилось много искажений и описок в сравнении с оригиналами. В кружке произошел раскол на две противоборствующие группы, во главе которых встали Никон и Аввакум. Сторонники протопопа Аввакума настаивали на том, что образцами должны стать древнерусские книги, так как они не подвергались исправлениям, в отличие от греческих – после падения Византии. Никон и его приверженцы, среди которых был сам царь, считали, что следует обратиться к греческим оригиналам священных текстов, с которых и писались древнерусские книги.
После смерти патриарха Иосифа на этот пост по предложению Алексея Михайловича был избран Никон. Ему и было поручено провести церковную реформу. Реформа прошла в 1653–1655 гг. и затрагивала в основном церковные обряды и книги, которые были исправлены по греческим образцам. Вместо крещения двумя пальцами вводилось троеперстие; вокруг аналоя двигаться следовало теперь не по солнцу, а против него; слово «аллилуйя» во время молитвы должно было произноситься не два раза, а три; земные поклоны заменялись поясными; изменения вносились и в облачение русского духовенства. Реформа была одобрена московским церковным собором 1654 г., на котором присутствовали и восточные патриархи.
Однако она вызвала сильное сопротивление приверженцев старины, которые получили название старообрядцев. Идеологом и главой старообрядцев стал протопоп Аввакум (1620–1682). За отказ признать реформу Никона он был сослан в 1653 г. в Сибирь, но и там продолжал борьбу с официальной церковью.
Вскоре после церковной реформы обострились отношения между царем Алексеем Михайловичем и патриархом Никоном. Как человек властолюбивый и честолюбивый, Никон стал называть себя «великим государем» и демонстративно подчеркивать превосходство церковной власти над светской. Он даже предложил Алексею Михайловичу стать его соправителем, как патриарх Филарет при Михаиле Федоровиче.
Однако Алексей Михайлович, носивший прозвище Тишайший, в этот раз проявил твердость характера и стал готовить церковный суд над Никоном. Для этого был созван Церковный собор 1666–1667 гг. с участием патриархов из других стран. Собор осудил действия Никона, лишил его сана и навечно заточил в монастырь. Также Собор подтвердил необходимость продолжения реформ и наложил церковное проклятие на всех старообрядцев. Они предавались суду гражданской власти, и на них распространялись уголовные наказания, установленные Соборным Уложением 1649 г. (смертная казнь через сожжение на костре). По решению Собора протопоп Аввакум был заточен в «земляную тюрьму» Пустозерска, где провел 15 лет. Церковный собор 1681–1682 гг. приговорил протопопа к смертной казни.
Аввакум