В это время отцы Леонид и Клеопа отстроили в лесу новую хижину, куда к ним стали снова приходить миряне. Это не понравилось новому настоятелю Белобережской пустыни, и по его жалобе старцы должны были покинуть свое место. Они переселились на остров Валаам в скит Всех святых Спасо-Преображенского монастыря. Это было в 1811 году. Спустя год к ним присоединился и отец Феодор, переживший в Палеостровской обители ряд весьма тяжких искушений. Собравшись вместе на острове Валааме, старцы подвизались здесь около шести лет.
«Слава милосердому нашему Богу, – писал отец Феодор к отцу Афанасию, также ученику старца Паисия, в Площанскую пустынь, – что сподобил и меня, недостойного и скверного, сожительствовати со отцы моими в скиту валаамском. Уже теперь перед милосердым нашим Создателем и Искупителем не можем никакого извинения и оправдания принести. Он исполнил все наше желание… <…> Привел нас в место безмолвное, спокойное, от человек удаленное, молвы свобожденное. Отец Леонид определен у нас в скиту смотрителем»88.
Из монастыря приходило к ним много братии. Духовное окормление в монастыре не достигло тогда душеспасительного уровня, так как в основном заключалось в телесном, хотя и сурово-подвижническом делании. Иные братия проникались учением старцев о духовном делании и воспитании в себе внутреннего человека, другие, даже и благомыслящие, оставались в недоумении.
Настоятель монастыря отец Иннокентий полагал, очевидно, что духовным руководителем иноков обители должен быть он один (как, впрочем, и бывало в древности). Долгое время он крепился, ища какого-то исхода из неудобного для него положения, но наконец утвердился в мысли, что отцы Феодор, Клеопа и Леонид проявляют непокорность настоятелю и даже как бы вмешиваются в его управление. Их учение казалось ему подозрительным нововведением. И вот он принес жалобу митрополиту Санкт-Петербургскому и Новгородскому Амвросию, утверждая в ней, что пришлые старцы возмутили в обители мир. Однако при тщательном расследовании этого не оказалось. Присланный преосвященным отец Иларион предложил старцам тридцать вопросов и был удивлен их ответами. Он сказал, что нигде ему не приходилось читать того, что высказали ему в своих ответах простые монахи-старцы. Затем вступились за старцев святители – митрополиты Московский Филарет и Пензенский Иннокентий. Эти просвещенные русские богословы на основании тех же письменных ответов доказали невиновность старцев. Тем не менее старцы приняли решение оставить Валаам. Они не сочли игумена Иннокентия недоброжелательным, – это искушение он пережил по неведению и потом оставил по себе весьма добрую память. Отец Леонид отправился в Петербург к преосвященному Амвросию с общей просьбой от старцев