У 1762-му 34-річний Кирило Розумовський допоміг зійти на російський престол німецькій принцесі, яка увійшла в історію під іменем Катерини ІІ. Вона мала більш ніж сумнівні права на імперський престол, адже її чоловіка Петра ІІІ скинули в результаті перевороту, і він помер через кілька днів за підозрілих обставин. Іншу можливу кандидатку, незаконну доньку Олексія Розумовського й імператриці Єлизавети, розшукали в Італії і вивезли в Петербург, там вона й померла у в’язниці. Кирило Розумовський, один із головних учасників перевороту, сподівався нагороди у вигляді розширення прав Гетьманату і спадкового гетьманства для своєї родини. Але нічого подібного від нової імператриці не отримав. Вона виросла на ідеалах Просвітництва, вірила в універсальні правила та цінності і збиралася принести Росії лад, централізацію й верховенство закону. Катерина ІІ не переймалася окремими правами і привілеями автономної частини імперії. У листопаді 1764 року Розумовського відкликали в Петербург і змусили зректися булави. Посаду гетьмана скасували знову, і цього разу назавжди. Упродовж двох десятиліть Катерині ІІ вдалося повністю інтегрувати козацькі землі у склад імперії. Вона знищила Запорозьку Січ; скасувала автономію Гетьманату і поділила його на кілька губерній, які підлягали безпосередньо Петербургу; розформувала козацькі полки і запровадила в колишній гетьманській державі кріпацтво.
Розібравшись із козацькою автономією, Катерина ІІ доклала зусиль, щоб залучити старшинську еліту на імперську службу. Козацький старшина Петро Завадовський (1739–1812) був одним з фаворитів нової імператриці і з 1780-х років провадив освітню реформу в імперії – на початку ХІХ століття він став першим російським міністром освіти. Полковник київського полку Олександр Безбородько зробив ще кращу кар’єру – від секретаря імператриці до канцлера і головного архітектора зовнішньої політики імперії. Він стояв за багатьма ініціативами російської держави, спрямованими проти традиційних ворогів козаків – турків і поляків. Рука Безбородька відчувалася у мирних договорах з Оттоманською Портою, завдяки яким Північне Причорномор’я і Крим опинилися під владою Росії, та в угодах з Австрією і Пруссією, які привели до поділів Польщі і ліквідації польської держави. Колишні козацькі старшини, близькі до Безбородька й Завадовського, допомагали розширювати кордони імперії за рахунок колишньої Речі Посполитої, а інші уродженці Гетьманату, як-от