Придушивши повстання Косинського і Наливайка, польські урядники та українські князі створили видимість порядку на прикордонні, але це не зупинило зростання впливу козаків у регіоні. Королівські урядники збільшили козацький реєстр і призначили заможнішим козакам платню, щоб ті контролювали низових козаків. Участь козаків у московській Смуті (вони воювали в арміях обох Лжедмитріїв, що претендували на престол) обернулася на користь полякам: у 1610 році вони пішли на Москву регулярною армією та окупували місто. Король також скористався допомогою 20-тисячного козацького війська в 1621 році, коли армія Османа ІІвзяла в облогу Хотин. Річ Посполита отримала у своє розпорядження величезну армію, яка майже нічого не коштувала державній скарбниці, але обходилася у колосальну політичну ціну цілій державі.
Петро Конашевич-Сагайдачний, гетьман козацького війська під Хотином, узяв під свою опіку переслідувану владою православну церкву. Після Берестейської унії королівські урядники заборонили висвячувати нових православних єпископів, і на 1620 рік церква лишилася майже без вищого духовенства. Того року з Москви повертався додому єрусалимський патріарх Теофан, і Сагайдачний переконав його висвятити нову православну ієрархію, попри пряму заборону короля. Це надавало козакам цілковито нової легітимності. Відтепер вони не лише воюватимуть за свої права і привілеї, а й боронитимуть упосліджену православну церкву й руський народ. З тим, що козаки стали настільки впливовими і важливими для оборони Речі Посполитої, виникла ще одна проблема. Щойно було набрано козацьку армію, як ставало майже неможливо її розпустити. Коли на видноколі з’являлася примара війни, селяни і містяни масово йшли в козаки, вимагали козацьких привілеїв, зокрема платні та окремої юрисдикції, відмовлялися платити податки і брали участь у закордонних походах, що ніяк не влаштовувало сусідні держави. У 1625-му, через кілька років після хотинської оборони, Річ Посполита кинула проти козаків свою армію і змусила їх розійтися. Козацький реєстр зменшили до шести тисяч, щонайменше чотирнадцять тисяч козаків більше не отримували платні. Але мир не протривав довго.
У 1630 році козаки піднялися знову. Цього разу їхнім ватажком став Тарас Федорóвич, вихрещений татарин, який зробив