Важным достижением судебной реформы стало учреждение должностей Главного военного прокурора в Военном министерстве и Главного военно-морского прокурора при Морском министерстве России. Прокурорские должности вводились в каждом военном округе, которые состояли при военно-окружных судах и действовали в соответствии с судебными уставами.
Учреждение судебных установлений 1864 г. содержало специальный (третий) раздел «Олицах прокурорского надзора», в котором говорилось:
Прокурорский надзор вверяется обер-прокурорам, прокурорам и их товарищам под высшим наблюдением Министра юстиции как Генерал-прокурора (ст. 124). При каждом Окружном Суде и при Судебной Палате состоит особый прокурор и определенное штатами число товарищей прокурора (ст. 125). При Кассационных Департаментах Сената состоят обер-прокуроры и их товарищи (ст. 127). Прокуроры окружных судов подчинены прокурорам судебных палат, а сии последние, равно как и обер-прокуроры, состоят в непосредственной зависимости от Министра Юстиции (ст. 129). Независимость прокуроров провозглашалась законом. Указывалось, что прокуроры «действуют единственно на основании своего убеждения и существующих законов» (ст. 130). Прокурор наделялся правом отказаться от обвинения в суде, если убеждался в невиновности подсудимого.
Практически прокуратура из органа надзорного типа была трансформирована в орган уголовного преследования. Появился суд присяжных, мировые судьи, состязательность процесса, что расширило возможности сторон для защиты своих интересов вне зависимости от позиции прокуратуры. Прокуроры осуществляли свою деятельность по следующим направлениям: наблюдали за законностью производства предварительного следствия, могли присутствовать при всех следственных действиях, давать указания следователю, требовать дополнительного расследования; по окончании предварительного следствия они давали заключение о предании обвиняемого суду, в форме обвинительного акта; наблюдали за соблюдением судами правил делопроизводства; направлял свои характеристики на судей министру юстиции; при рассмотрении судами уголовных дел выступали полноправными участниками судебного процесса, приносили кассационные и апелляционные протесты на решения судов; осуществляли надзор за исполнением приговоров, за соблюдением законности в местах отбывания наказаний. При рассмотрении гражданских дел выполняли законоохранительную функцию.
К концу XIX в. роль прокуратуры в государственном механизме России существенно ослабла, хотя после судебной реформы 1864 г. ее система и деятельность уже не имели необходимого организационного единства. Как отмечается в Наказе Министра юстиции и Генерал-прокурора Н.В. Муравьева чинам прокурорского надзора по своему содержанию прокурорская деятельность была сведена всего к трем