В настоящее время в статусе прокуратур субъектов Российской Федерации действуют специализированные прокуратуры закрытых административно-территориальных образований с непосредственным подчинением Генеральной прокуратуре РФ (г. Межгорье, комплекс «Байконур»). Другие прокуратуры, осуществляющие надзор за соблюдением и исполнением законов в закрытых административно-территориальных образованиях, на особо режимных объектах и в специальных воинских формированиях, обслуживающих их режим и непосредственное функционирование, подчиняются территориальным прокуратурам субъектов Российской Федерации. Например, прокуратура космодрома «Восточный» входит в систему Амурской областной прокуратуры.
Прокуроры ЗАТО «Межгорье» и комплекса «Байконур» (на правах прокуроров субъектов Российской Федерации) осуществляют:
• надзор за исполнением законов и законностью правовых актов, соблюдением прав и свобод человека и гражданина подразделениями федеральных органов исполнительной власти, органами местного самоуправления, должностными лицами, органами управления коммерческих и некоммерческих организаций, действующих на территориях ЗАТО г. «Межгорье» и комплекса «Байконур»;
• надзор за исполнением законов, соответствием законам издаваемых правовых актов следственными отделами Следственного комитета Российской Федерации на комплексе «Байконур» и в ЗАТО «Межгорье»;
• надзор за исполнением законодательства о противодействии коррупции в указанных органах и учреждениях;
• надзор за исполнением законов подразделениями федеральных органов исполнительной власти, уполномоченными осуществлять оперативно-розыскную деятельность, дознание и предварительное следствие на территории ЗАТО «Межгорье» и комплекса «Байконур»;
• надзор за исполнением законов подразделениями Следственного комитета Российской Федерации при приеме, регистрации, проверке и разрешении заявлений и сообщений о совершенных или готовящихся преступлениях, расследовании уголовных дел о преступлениях, совершенных на территории ЗАТО «Межгорье» и комплекса «Байконур» проживающими либо работающими в них гражданскими лицами;
• утверждение обвинительных заключений (обвинительных актов) по таким уголовным делам, направление уголовных дел в суды согласно нормам подсудности;
• участие в судебном рассмотрении уголовных дел, обвинительные заключения или обвинительные акты по которым утверждены прокурором ЗАТО г. Межгорье или прокурором комплекса «Байконур» и их заместителями;
• направление исков и участие в гражданском и арбитражном процессе в соответствии с нормами федерального законодательства и организационно-распорядительными документами Генерального прокурора Российской Федерации;
• рассмотрение обращений, содержащих сведения о нарушении законов руководителями