Она дислоцируется в Ростове-на-Дону, имеет свои подразделения (участки) в Краснодаре и Саратове и действует в пределах республик Северного Кавказа, Краснодарского и Ставропольского краев, Астраханской, Волгоградской, Ростовской, Саратовской областей (включая примыкающие к ним внутренние морские воды и территориальное море).
Южная транспортная прокуратура осуществляет следующие полномочия: надзор за исполнением законов, соблюдением прав и свобод человека и гражданина в сфере деятельности железнодорожного, воздушного, морского и внутреннего водного транспорта, в таможенной сфере территориальными органами федеральных органов исполнительной власти, органами власти субъектов Российской Федерации и местного самоуправления, органами таможни и внутренних дел на транспорте, коммерческими и некоммерческими организациями, их должностными лицами, органами управления и руководителями, а также за соответствием законам издаваемых ими правовых актов; надзор за уголовно-процессуальной и оперативно-розыскной деятельностью органов внутренних дел на транспорте и таможенных органов; координацию деятельности правоохранительных органов, действующих на железнодорожном, воздушном, морском и внутреннем водном транспорте, в таможенной сфере, по борьбе с преступностью; участие в соответствии с требованиями процессуального законодательства в рассмотрении судами уголовных, гражданских, арбитражных и административных дел.
К специализированным прокуратурам относятся природоохранные прокуратуры, призванные обеспечить надзор за единообразным исполнением законов, направленных на охрану окружающей среды. Цель прокурорского надзора за исполнением природоохранительного законодательства – выявление нарушений экологического законодательства, допускаемых как юридическими, так и физическими лицами; установление обстоятельств, способствующих этим нарушениям, и принятие мер к их устранению, принятие мер по привлечению к установленной законами ответственности лиц, допустивших нарушения природоохранительного законодательства; предупреждение нарушений природоохранительного законодательства.
Наиболее крупная Волжская межрегиональная природоохранительная прокуратура, полномочия которой соответствуют прокуратуре субъекта Российской Федерации, поскольку она является вышестоящей по отношению к межрайонным природоохранным прокуратурам целого ряда городов, расположенных в акватории и бассейне реки Волги (Астраханская, Волгоградская, Рязанская, Тверская, Ульяновская, Ярославская, Самарская и др.).
Природоохранные прокуратуры действуют во многих субъектах Российской Федерации как прокуратуры межрайонного уровня в целях усиления прокурорского надзора за исполнением законодательства об охране окружающей среды.
Природоохранные прокуратуры выполняют задачи по выявлению и ликвидации источников загрязнения окружающей среды, водных ресурсов, земель, пресечению фактов