Путь к независимости Русской церкви от Константинополя был долгим. С середины XIII в. на митрополичьем престоле все чаще, наряду с греками, появляются русские (Кирилл III, св. Петр, св. Алексий). В 1452 г. великий князь Василий Васильевич решил известить императора Константина IX об избрании митрополита Ионы, однако это письмо так и не было отправлено. После падения империи русский князь все-таки пытался получить благословение патриарха на поставление Ионы. В 1469 г. патриарх Дионисий I говорил, что Константинопольская церковь не признавала и не признает митрополитов, ставимых без ее благословения. С именем митрополита Ионы связывают начало независимости Русской церкви; начиная с его преемника Феодосия (1461-1464 гг.) русские митрополиты начинают титуловаться «Московскими и всея Руси». Феодосии стал первым русским митрополитом, которого московский великий князь утвердил в сане единолично, заменив в этой роли византийских императоров.
Была в этом вопросе и другая сторона. Греки, уже с подписанием Флорентийской унии потерявшие в глазах русских право на первенство в православном мире, окончательно потеряли его с падением Константинополя. Очевидно, что на их место должен был встать какой-нибудь другой народ. Поскольку все остальные православные народы были покорены турками, то единственным таким народом мог стать народ русский. Русское княжество осталось единственным свободным православным государством в мире. По мысли самого Божественного Промысла оно должно было теперь стать наследником павшего греческого царства и принять на себя роль хранителя незапятнанного православия. Осознание себя преемниками второго, павшего Рима, происходило у русских в более сложном плане, как осознание судеб не только греческого и русского царств, но и царства современных латинян, т. е. Священной Римской империи. Поэтому мы находим у книжников того времени обращение к воспоминаниям о первом Риме. Наряду с падением Константинополя, в формировании политической идеологии XV в. переломным моментом было свержение монголо-татарского ига. В это время концепция римско-византийского преемства только зарождалась и не получила еще четкого и законченного литературного оформления; это произойдет во втором-третьем десятилетиях XVI в.
В 1472 г. московский великий князь Иван III женился на племяннице последнего византийского императора Константина XII Софии (Зое) Палеолог. Идея этого брака была подсказана в 1469 г. римским папой Павлом II в надежде на усиление влияния католической церкви на Руси и возвращения к идее Ферраро-Флорентийской унии. София была дочерью деспота Фомы, брата императора, бежавшего после завоевания Морей турками на о. Корфу. Зоя вместе с двумя младшими братьями воспитывалась кардиналом Виссарионом Никейским. После двухлетних переговоров, осуществляемых дипломатом-итальянцем Иваном Фрязиным, Зоя (София) прибыла в Москву в сопровождении папского легата, с преднесением креста. Однако планам папы не было суждено осуществиться: