Период укрепления и централизации государственного аппарата и связанные с этим изменения в судоустройстве и судопроизводстве пришлись на правление Алексея Михайловича (1645–1676). Значительные изменения в судебной сфере были связаны с принятием Соборного уложения 1649 г. и Новоуказных статей 1669–1679 гг. В результате систематизации законодательства были исключены устаревшие и неприменяемые нормы материального и процессуального права. Были охвачены нормативным регулированием те сферы отношений, которые ранее не являлись предметом светского законодательства (защита интересов веры и Церкви, статуса государя и его окружения и др.); большое внимание было уделено вопросам феодального землевладения, правовому статусу сословий.
Детальной регламентации подверглась система отправления правосудия: были закреплены начала состязательно-обвинительного (суда) и следственно-инквизиционного (розыска) процесса, система доказательств. В порядке состязательного, обвинительного процесса рассматривались менее важные уголовные и гражданские дела. Розыск применялся при разрешении наиболее важных гражданских дел и по серьезным уголовным преступлениям. Соборное уложение 1649 г. усовершенствовало правовые способы принудительного исполнения судебных приговоров по уголовным делам и решений судов по гражданским спорам. При составлении этого обширного законодательного памятника использовалась более высокая юридическая техника, позволившая распределить нормативный материал по главам исходя из предмета регулирования.
Соборное уложение 1649 г. изменило ряд положений, касавшихся церковной юрисдикции. Был учрежден Монастырский приказ, в работе которого наряду с церковными деятелями участвовали и светские чиновники. Созданием этого органа правительство преследовало цель усиления государственного контроля за деятельностью церковных судов. Соборное уложение 1649 г. знаменовало собой новый, более совершенный этап в развитии права, судоустройства и судопроизводства, который соответствовал уже реалиям Нового времени, характеризовавшегося серьезными историческими, экономическими и политическими изменениями, сложившимися к середине XVII в. в России. Бурно развивающиеся торгово-экономические отношения внутри государства и торговые связи с иностранными государствами потребовали через 20 лет принятия дополнительных законов: Новоторгового устава 1667 г. и Новоуказных статей 1669–1679 гг., вносящих изменения в действующее законодательство и отражающих дальнейшее развитие экономики и таможенного устройства в стране.
В середине XVII в. получила развитие приказная система, которая стала важнейшим звеном в системе судебных учреждений. Приказы обладали судебными полномочиями (каждый в сфере своей компетенции). Кроме отраслевых и территориальных приказов стали создаваться специальные приказы, компетенция которых предполагала в основном только