Много внимания уделял Филарет печатанью и правке богословских книг. Так в 1620 году патриарх возобновил Печатный двор на Никольской улице Китай-города, который был сожжен поляками в 1611 году. В новой типографии предусматривалось не только особое помещение для работ справщиков, но и просторная комната, в которой, по приказанию Филарета Никитича, должны были храниться все, собранные по стране древние харатейные книги. Именно таким незамысловатым образом было положено начало знаменитой в последствие типографской библиотеке.
Книги, изданные на Никольском Печатном дворе, рассылались по городам и церквям бескрайней Московии, как правило, по цене себестоимости, без учета прибыли, а в Сибирь – и вовсе бесплатно.
Испытывая острый недостаток в людях, образованных и сведущих в богословских науках, патриарх заботился и об открытии в стране богословских учебных учреждений, призывая архиепископов к созданию училищ при архиерейских домах. Не ограничившись одними только призывами, он и сам завел в Чудовом монастыре греко-латинское училище, назначив смотрителем Арсения Глухого.
В 1627 году государь Михаил Федорович и патриарх Филарет Никитич запретили московитам покупать книги, изданные в Западной Руси – в Киеве, Львове, Вильно и других городах, подозревая западнорусских священников в приверженности к римско-католическим знаниям.
С большим подозрением относился Филарет и к западным переселенцам. По его повелению Церковь, прежде чем принимать беженца с Западной Руси в лоно царства Московского, должна была крестить его заново, причем с полным погружением в освященную воду, а не обрызгиванием, как это широко практиковалось на Западе.
Несмотря на то, что Западная Русь значительно превосходила Русь Московскую и в культурном, и в научном развитии, патриарх с большой неохотой принимал помощь киевлян, выказывающих желание приехать в Москву и оказать епархии помощь как в становлении образования, так и в исправлении богословских книг. В данном случае он считал более правильным и полезным для сохранения чистоты православия опираться на помощь греков. И когда в 1632 году греческий архимандрит Иосиф, помощник священнослужителя Кирилла Лукариса, приехал за милостыней в Москву, Филарет обратился к нему с предложением, организовать в Москве богословскую школу. Откликаясь на просьбу патриарха, Кирилл Лукарис, ставший в 1633 году Константинопольским патриархом, выслал Филарету несколько греческих книг, содержащих резкую критику католицизма, для перевода их на русский язык. Более того, в расчете на дальнейшее взаимовыгодное укрепление отношений с Москвой, Лукарис предложил Филарету свою личную помощь и в подборе учителей для вновь