А в 1672 году, кроме «большого хлебного недорода», было явное сопротивление закоренелых нижегородских раскольников.
Нижегородский летописец с сожалением и прискорбием рассказывал, что: «В Закудемском стану, во многих сёлах и деревнях крестьяне церкви Божией не приходили, и пения церковного и таинств святых не принимали, и во всём по научению раскольников от церкви Божией развратилися, и многие прельстишася с жёнами и детьми на овинах пожигалися».
Подобное же рассказывал обратившийся от раскола протоиерей Андрей Иоаннов:
– «В Нижегородской области многия тысяча огнём в овинах и избах сгорели, в лесах же против Нижняго Нова града, в луговой стороне, в морильнях от учителей своих запертые померли».
Действовали разные секты со всеми их грубыми и безрассудными обрядами: христовщина /Секта, отвергавшая сам инструмент церкви, христианские таинства, иконопочитание/, самосжигатели /Старообрядцы, подвергавшие себя и близких самосожжению в лесных молельнях под воздействием жестоких преследований церкви и военных команд/, и Спасово согласие /Беспоповское направление старообрядчества, имевшее четыре разновидности/.
Со времени образования Нижнего Новгорода и до 1672 года «земля низовская» не была отдельной самостоятельной епархией.
Все 450 лет по церковным делам она зависела сначала от Владимирских епископов, но большей частью от Суздальских, а потом от Московских митрополитов, и, наконец, от патриархов.
Архипастырем Епархии 24 марта 1672 года был избран уроженец Нижегородского края архимандрит Владимирского Рождественского монастыря Филарет, известный по уму, трудам и благостию.
Он был назван Митрополитом Нижегородским и Алатырским.
Несмотря на частое пребывание в Москве Филарет деятельно заботился об обращении нижегородских иноверцев в христианскую веру. Управлял епархией он до 1686 года.
С 1686 по 1696 год митрополитом Нижегородской и Алатырской епархии был уроженец города Курмыш, верный помощник Филарета, Павел I-ый.
Ещё при Филарете, по прекращении стрелецких бунтов, раскольники, разбежавшиеся по лесам России, во множестве поселились в Нижегородской области в Керженских лесах за Волгой.
Здесь коренились последователи поповщины /Разновидность старообрядчества, признававшего священство и создававшего собственную церковную организацию/ и дьяковщины.
А около селений Павлово, Богородское и Мурашкино увеличилось число «поморцов» и даже особенно вредных изуверов «морелыциков» /Раскольничий толк. Ради спасения они морили свою плоть до смерти – губили себя и своих собратьев голодом, огнём и обухом. Из них образовались: самосжигатели, сократилыцики, тюкалыцики и детогубцы/.
В 1697–1699 гг. митрополитом был Трофимий.
Четвёртым митрополитом