Несмотря на покровительство украинской власти при гетмане П. Скоропадском, в 1918 году архимандрит и христианские демократы, группировавшиеся вокруг Экземплярского, сталкивались с ожесточенным противодействием нового киевского митрополита Антония (Храповицкого). На московском Соборе он чуть было не стал патриархом, набрав большинство голосов (лишь жребий, вытянутый старцем Алексием Зосимовским, указал на Тихона). Оказавшись на Киевской кафедре, владыка стал управлять украинской Церковью по старинке, когда во главу угла ставили отказ от любых перемен и утверждали верность сложившейся практике. Для него стиль служения архимандрита, его открытость к людям являлись признаками если не смутьянства, то «хлыстовства». Он наложил на монаха епитимью и возбудил против того внутрицерковный судебный процесс. Вскоре митрополита арестовали петлюровцы и увезли в Галицию. Почти через год он вновь вернулся с частями белых, потом отбыл на Юг России. Все это время – при белых и красных – в вялотекущем режиме продолжалось церковное следствие над отцом Спиридоном. (Закончилось лишь в 1923 году вынесением ему формального порицания Святейшим Тихоном при одновременном неформальном поощрении: патриарх передал харизматичному монаху свой фотопортрет с краткой надписью: «Архимандриту Спиридону на память».
Отбиваясь от натиска начальства, архимандрит в 1918-м пишет окончательную редакцию «Исповеди священника перед Церковью» и в следующем году издает ее отдельной книгой. Она выходит при втором воцарении в Киеве большевиков, скорее всего летом. Весна и лето 1919-го были страшным временем показательных массовых расстрелов представителей «чуждых классов». Но отца Спиридона, священника рабочих, пока не трогали.
Он продолжал служить в своем стиле, не прекращая и широкой социальной и просветительской работы.
Экземплярский в канун 1918 года в обращении к читателям «Христианской мысли» высказал убеждение, что уже «близок час духовного пробуждения народа, тоски по Богу и искания Его правды. Задача всех церковных людей сделать все возможное, чтобы утолить эту жажду духовную». Архимандрит Спиридон считал Василия Ильича своим «отцом во Христе» и, конечно, стремился осуществить на деле их общее упование.
Изданием своей «Исповеди» архимандрит хотел показать причины своего протеста против господствовавших в Церкви нравов, которые приводили ее к параличу, отрывая от источников духовной энергии. После выхода книги многие читатели его поддержали, но многие испытали смятенье (если не возмущение). В 1920-м он издал еще одну свою книгу «Царь христианский», в которой в форме притчи описывал губительность для христиан стремления руководствоваться в своих поступках «государственными» задачами, патриотизмом или еще какой-либо идеологией, отодвигая на задний план заповеди Нового Завета.
Священник и экстраординарный профессор киевской духовной академии Алексей Чекановский (в близком будущем – обновленческий