Ровесник отца Спиридона, Экземплярский родился в последние дни 1874 года. Он был младшим ребенком в семье известного киевского педагога и священника. когда сыну исполнилось 9 лет, отец овдовел, вскоре принял монашество с именем Иероним и был возведен в сан епископа (умер в 1905 году, находясь на Варшавской кафедре). Василий родился почти слепым и в течение первых лет своей жизни подвергся девяти операциям (потом последовали и другие). С двадцати одного года он долгое время страдал «воспалением сердца» и «ничего не мог того, что могут в эти годы». С ранних же лет все силы его были направлены на учебу: после духовной семинарии с отличием окончил киевскую духовную академию. В 1901 году там же становится приват-доцентом кафедры нравственного богословия, а вскоре и профессором.
Уже накануне великой оттепели, увенчавшейся в 1905 году дарованной по воле царя конституцией, одна за другой начинают выходить богословские и религиозно-философские работы Экземплярского, посвященные выяснению того, как различные стороны реальности соотносятся с евангельским учением. Он постоянно отмечает пункты расхождения текущей церковной доктрины с Нагорной проповедью. Внешне его богословие традиционно, основано на доскональном знании святоотеческого учения, догматов Церкви и аскетической практики ее подвижников. Его богословские и религиозно-философские работы пронизаны постоянным поиском путей воплощения христианских истин в жизнь. Не случайно в канун Февральской революции Николай Бердяев отмечал в одной из своих программных статей напряженность веры и богословия Экземплярского. Московский философ подчеркивал, что в книгах киевского профессора парадоксально сочетаются консервативное православие и мощное стремление к церковной свободе и демократизации Церкви.
Экземплярский считал, что к религиозной свободе должна привести реализация раннего христианского опыта, раскрепощая верующих и тем самым укрепляя их внутренне. Он выступал против смертной казни, ведя полемику с могущественными казенными богословами, оправдывающими ее. Он считал, что исторические условия, когда государство использует Церковь, заставили христиан приспособить заповеди своего Учителя к требованиям мира, приводя их к отступничеству от принципов