Территория вокруг Марафона была заселена с незапамятных времен, и археологические находки в Пещере Пана (упоминается у Павсания) подтверждают это. Кроме того, совсем недалеко от Марафона находится кладбище Среднеэлладского периода из семи курганов. Два захоронения получили название “Братья-близнецы” из-за того, что имели одинаковую высоту и диаметр. Другие два были частично повреждены. В северной части кладбища, как оказалось, располагались еще более древние захоронения. Сейчас могилы располагаются под специальным навесом, посетители могут их рассматривать с моста.
Название поселения происходит от древнего героя Марафона, сына Эпопея, царя Сикиона, который был изгнан отцом и удалился на восточное побережье Аттики, где и основал новый город. После того, как Эпопей умер, Марафон стал наследником его царства, но предпочел разделить его между сыновьями Сикионом и Коринфом.
Существует и другая версия появления названия "Марафон". Оно связано с героем Марафом, который возглавлял отряд аркадийских воинов, помогавших Диоскурам освободить похищенную Тесеем Елену Прекрасную, их сестру. Согласно сообщению Павсания (которому далеко не всегда можно доверять), Мараф добровольно принес себя в жертву богам ради успеха похода Диоскуров.
Последнюю версию следует признать ошибочной, потому что Марафон существовал во времена Тесея, и здесь молодой афинский герой настиг и убил ужасного Марафонского (критского) быка, который разорял Пелопоннес, а потом Аттику. Вероятнее всего, образ быка заместил в предании образ критского полководца (также как Минотавр заместил образ критского жреца).
Марафон был местом добровольной или принудительной ссылки из Афин, и там обычно формировались силы оппозиции по отношению правящей в Афинах группировке.
Особую славу Марафон приобрел после победы афинян над персидским войском, которое было высажено здесь и полностью разбито 13 сентября 490 г. до н. э. Целью персов было выманить греческое войско из Афин и внезапно атаковать город со стороны порта Пирей. Но греки успели не только разбить отряд персов, высаженный под Марафоном, но и вернуться в родной город. Посланный предупредить афинян об опасности вестник пробежал 42 километра, и это в древности не считалось подвигом. Марафонских забегов в честь этого события греки не проводили. Они стали практиковаться в современных Олимпийских играх.
Марафонский герой. Национальный Археологический музей Афин
Успех афинян и помогавших им платейцев был обусловлен тем, что персы не приняли всерьез малочисленное войско, разместившееся на склоне горы. Возможно, значительная его часть была просто не видна за деревьями. Скорее всего, персы даже не стали выстраиваться в боевой порядок и последовали к Марафону, но получили решительный удар во фланг. При хаотическом отступлении персы увязли в болоте, которое оказалось у них в тылу, и были перебиты.
Прославляя Марафонскую победу,