Еще раньше, в 1885 году, Россия приступила к продолжению строительства Закаспийской железной дороги до Самарканда. Амударья, являющаяся в верхнем течении границей России с Афганистаном, включалась, таким образом, в сферу обслуживания железной дороги. При этом было принято решение создать на Амударье флотилию для сообщения военных гарнизонов, пограничных отделов и постов с железной дорогой, транспортировки войск к верховьям реки и подвоза местных грузов к железной дороге.
15 октября (27 октября по н. ст.) 1893 года император Александр III издал указ «Об учреждении Отдельного корпуса пограничной стражи» (ОКПС) [10].
Пограничная стража выделялась из состава Департамента таможенных сборов, но оставалась в составе Министерства финансов на правах департамента. Для обеспечения единства ОКПС и лучшего согласования деятельности с таможенными учреждениями руководство ими было сосредоточено в одних руках – министра финансов, ставшего шефом ОКПС. Для руководства охраной границы было создано Управление ОКПС, в состав которого входили: командир корпуса (он же начальник управления), его помощник, чины для поручений, штаб корпуса. Командиру корпуса передавались все военно-дисциплинарные, командные, инспекторские и строевые права и обязанности.
Создание самостоятельного органа управления пограничной стражей имело большое значение для ее дальнейшего становления и развития. Пограничная стража превратилась в самостоятельный род войск, управляемый компетентными военными людьми на основе четкой военной организации. Отныне всеми вопросами комплектования, обучения, материально-технического обеспечения пограничной стражи ведал штаб ОКПС. Он же разрабатывал все необходимые служебные инструкции, документы и положения, четко регламентирующие деятельность пограничной стражи, ее права и обязанности. Тем самым создались предпосылки для более эффективных действий пограничной стражи по решению задач охраны границы.
6 июня 1894 года по предложению Министерства финансов России император Николай II подписал указ «Об устройстве пограничного надзора в Средней Азии» [11].
В 1895 году на территории Туркестанского таможенного округа была сформирована 31-я Амударьинская пограничная бригада со штатом 25 офицеров, 1 старшего врача, 2 младших медицинских работников, 1 ветеринарного врача, 915 нижних чинов. В 1899 году бригада вошла в состав созданного 7-го пограничного округа ОКПС. До 1910 года в бригаде также проходили службу вольнонаемные джигиты из числа местного населения.
С целью исследования судоходства по реке Амударье летом 1893 года лейтенант русского Императорского флота Вашкевич был откомандирован с Каспийского флота, где он служил, в Туркестанский округ. Прибыв в Чарджуй, он с небольшой