В начале 1905 года бухарский эмир Саид Алимхан [38] отозвал шугнанского бека в Бухару и откомандировал в западные районы Памира нового чиновника, который во всем должен был подчиняться начальнику Памирского отряда. Это было вызвано тем, что 15 ноября 1904 года Туркестанский генерал-губернатор Н. Н. Тевяшёв [39] дал указание военному губернатору Ферганской области разработать предложения о введении в Шугнане, Рушане и Вахане временного русского правления, а Памирский пост был реорганизован в отряд.
К этому времени начальником Памирского отряда был вновь назначен, но уже в чине подполковника, Э. К. Кивекэс, который и получил разработанную специальной комиссией и утвержденную Туркестанским генерал-губернатором «Временную инструкцию начальника Памирского отряда».
Согласно инструкции, начальник отряда пользовался правами уездного начальника и по субординации подчинялся военному губернатору Ферганской области. Управляя Памиром, начальник отряда имел право давать указания и распоряжения бухарскому чиновнику по вопросам административного управления. В то же время начальник отряда должен был иметь в виду, что, во-первых, существующий, основанный на обычаях, порядок управления населением должен быть сохранен без изменения и, во-вторых, местный суд устраивается и производится применительно к местным обычаям. Начальнику отряда предоставлялось право отменять и видоизменять приговоры, соображаясь с обычаями населения, справедливостью и интересами русской власти. Население получило возможность косвенно избирать всех сельских начальствующих лиц – мингбашей, казиев, аксакалов, которые в конечном итоге утверждались командованием Памирского отряда. Отходники получили право свободного выезда на заработки в центральные районы Туркестанского генерал-губернаторства.
В 1905 году с участием русских пограничников на Памире было проведено административное деление, согласно которому южная часть Ошского уезда и прилегающие области Юго-Восточного Бухарского эмирата, от афганской границы на юге и западе по реке Язгулем на севере, были выделены из общетуркестанского управления в особый административный округ, находящийся в ведении начальника Памирского отряда. Для удобства управления Памирский округ был разделен на четыре района: район восточных постов, состоявший из Памирской и Орошорской волостей; Хорогский – из Рушанской и Шугнанской волостей; Лянгарский – из Ваханской волости и Ишкашимский. Главами районов были назначены офицеры Памирского отряда, которые в отношениях к местному населению имели права и обязанности участковых приставов. Их ближайшими помощниками