После Октябрьской революции жизнь на Кавказе, в том числе и в Карачае, начала быстро перестраиваться. К моменту создания Карачаевской автономии карачаевцев насчитывалось 57 801 чел., и они составляли 85 % населения области[93]. Их численность непрестанно возрастала и в 1939 г. составила 70,9 тыс. чел. Однако удельный вес карачаевцев среди населения области значительно поубавился, до 28,8 %[94], в то время как количество русского населения стремительно возросло как в абсолютных цифрах, так и процентном отношении.
В 1926 г. русских в области насчитывалось 2916 человек[95], а в 1939 г. 119,8 тыс. чел.[96] По отношению ко всему остальному населению области русское население за это время увеличилось с 4,5 % до 48,3 %[97].
В Карачаевской автономной области, занятой в начале августа 1942 г. немецко-фашистской армией, оккупанты пытались применить «особую» политику. Санкционировав самоназначение Кочкарова, они разрешили затем создать т. н. «Карачаевский национальный комитет». Комитет получил от оккупантов обещание на право роспуска колхозов в будущем, под опеку Комитета была передана советская государственная и общественная собственность, а также руководство экономикой и культурой, разумеется, под немецким контролем. Комитет со своей стороны приложил немало усилий, чтобы оправдать доверие немецких властей и найти добровольцев для сформирования кавалерийского эскадрона для боевых действий совместно с немцами[98]. Карачаевский комитет находился под покровительством бывшего германского военного атташе в Москве генерала Кестринга.
Во время оккупации в Карачае и Черкесии развернулось партизанское движение. Согласно данным, приводимым Ч. С. Кунаевым, на этой территории действовало 13 партизанских отрядов, численностью в 1200 чел.[99] За 5 месяцев оккупации гитлеровцы убили на территории Карачая и Черкесии более 9 тысяч мирных жителей, среди них много детей[100].
В конце января 1943 г. Карачай и Черкесия были освобождены частями 37-й советской армии. Наступили лихорадочные месяцы освобождения и восстановления.
Но неожиданно в ноябре 1943 года карачаевское население поголовно выселяется с родных мест и в эшелонах под конвоем отправляется на спецпоселение в Среднюю Азию и Казахстан. Карачаевская автономная область была ликвидирована.
Дабы сделать упразднение автономии необратимым, Карачаевский, Учку-Ланский районы вместе с центром автономной области г. Карачаевским были переданы Грузинской ССР и вошли в Клухорский район. В декабре 1943 г. были переселены сюда 2115 грузинских переселенцев. На этой же территории сохранилось русское население в количестве 5672 человек[101]. Другая часть Карачаевской автономной области (районы Зеленчукский, Усть-Джегутинский, Прегродненский, Мало-Карачаевский) остались в составе Ставропольского края