Новые, невиданные по несправедливости и масштабам страдания ожидали этнических немцев с началом Второй мировой войны, во время которой фашистская Германия принесла неисчислимые бедствия, горе и смерть многим народам Европы и России. Особенно трагические последствия имели огульные обвинения в виновности немецких этнических меньшинств за преступления гитлеровской Германии. Притом что потомки немецких колонистов и остальные группы немецкого населения, живущие сотни лет вдали от Германии, никак не могли способствовать приходу к власти и преступлениям гитлеровского режима. Пожар Второй мировой войны превратил в пепел жизнь миллионов потомков немецких колонистов, мирно живущих в странах с другими народами, сделав их изгоями и виноватыми за преступления, которые они не совершали. Многочисленные и массовые акты насилия, дискриминации и геноцида против собственных граждан немецкой национальности стали страшными страницами в истории многих стран и остались в генетической памяти немецких этнических меньшинств.
Особое положение сложилось у российских немцев, для которых наступил апогей несправедливого и бесчеловечного отношения к ним. Без вины виноватые, они вынуждены были пережить огульное обвинение в предательстве, ликвидацию своей автономии, потерю всего нажитого имущества, депортацию в Сибирь и Казахстан, голод и смерть в трудовых лагерях. Это был многолетний геноцид государства по отношению к одному из своих трудолюбивых и законопослушных народов, не имевшему ни малейшего отношения к приходу к власти нацизма. Страдания для российских немцев не закончились и после войны – они лишились права возвратиться в места прежнего проживания и еще долгие 10 лет находились под комендантским надзором в местах своей ссылки.
Политические и военные действия нацистской Германии перед и во время Второй мировой войны оказали самое прямое воздействие на судьбу немецкого этнического населения и в странах Юго-Восточной Европы. Началом конца стал 1939 год, когда началось массовое переселение части этнических немцев в соответствии с гитлеровской доктриной «Домой в Рейх», которое продолжилось