В системе Наркомпроса РСФСР (до его реорганизации в 1930 г.) антирелигиозным воспитанием в школе, прежде всего, занималась коллегия наркомата. На ее заседаниях обсуждались и принимались решения о практической реализации политических решений. За научно-педагогическую, идеологическую сторону содержания школьных программ отвечала научно-педагогическая секция ГУСа. Одно из главных управлений Наркомпроса РСФСР – Главсоцвос и его школьный отдел – отвечало за реализацию содержания образования и его уровень в целом (утверждение и подготовка к печати школьных программ). Заведующий Главсоцвосом М.С. Эпштейн, председатель ГУСа (М.Н. Покровский) и председатель научно-педагогической секции его (Н.К. Крупская) были членами коллегии Наркомпроса.
В главных управлениях наркомата создавалось несколько комиссий, решавших конкретные вопросы. Они работали как на постоянной, так и временной основе. Так, в 1929 г. работала комиссия по борьбе с религией Наркомпроса РСФСР. В Главсоцвосе имелась постоянно действующая Комиссия по книге. В ее структуре имелась подкомиссия по нацменкниге. Эта комиссия организовывала рецензирование, редактирование и утверждение к печати учебников. Антирелигиозным воспитанием занимались и другие главные управления Наркомпроса – Главпрофобр и Главполитпросвет, в их структуре также находились учебные заведения. В 1928–1929 гг. в Наркомпросе создавались на определенное время специальные комиссии для частных вопросов, например, для составления методических писем по антирелигиозному воспитанию. В ГУСе в этот же период работала национально-антирелигиозная комиссия. Специальная комиссия в Наркомпросе создана для подготовки доклада А.В. Луначарского «О борьбе с религией» на сессии ГУСа. В комиссию входило все руководство наркомата – А.В. Луначарский, его заместитель В.Н. Яковлева, председатель Главполитпросвета и научно-педагогической секции ГУСа Н.К. Крупская, заместитель председателя Главсоцвоса М.М. Пистрак. Такой же государственный аппарат функционировал в союзных и автономных республиканских наркомпросах, местных край-, обл-, окружных отделах народного образования.
После реорганизации Наркомпроса в 1930 г. Главсоцвос преобразован в школьный отдел. Создан учебно-методический сектор (УМС), к которому перешли функции научно-педагогической секции ГУСа. Соответствующим образом реорганизована и структура местных органов.
Важную роль играли общественные организации, в первую очередь, профсоюзные – ЦК работников просвещения, специальный