В декабре 2001 г. путём соединения движений «Единство», «Отечество» и «Вся Россия» была образована пропрезидентская партия «Единая Россия», ставшая главной конкуренткой КПРФ.
В 2002 г. имели место новые конфликты в КПРФ и НПСР. В «раскольничестве» было обвинено руководство парторганизации Санкт-Петербурга.
В апреле 2002 г. по инициативе центристов было инициировано перераспределение думских постов, в результате которого представители КПРФ и аграрии потеряли большинство из них. КПРФ объявила о том, что её представители покинут все должности в знак протеста. 3 и 10 апреля созывались пленумы ЦК, которые потребовали от Председателя Госдумы Селезнёва, глав комитетов Горячевой и Н. Губенко покинуть должности.
Освобождение КПРФ и их сателлитов от руководящих постов – важнейшее событие, которое предопределило дальнейший регресс партии.
Апрель 2002 – декабрь 2003 гг. – спад влияния.
Нарастала внутрипартийная напряженность. Селезнёв, Горячева и Губенко отказались подчиниться партийному решению, после чего были исключены из КПРФ.
В СМИ проводилась кампания по дискредитации КПРФ. Происходило снижение авторитета партии.
14 сентября 2002 г. в г. Краснодаре состоялось заседание инициативной группы граждан по референдуму, организованной КПРФ. Его участники сформулировали четыре вопроса для всероссийского плебисцита: запрет купли-продажи земли, кроме приусадебных участков; ограничение размера оплаты коммунальных услуг и электроэнергии 10% от совокупного дохода семьи; доведение минимальной зарплаты и пенсии до уровня прожиточного минимума; национализация недр, топливно-энергетического комплекса, ВПК, лесов, водоемов и др. стратегических ресурсов.
18 сентября Дума приняла в первом чтении поправку, внесенную группой центристов и демократов, по фактическому дезавуированию акции КПРФ путем введения временного ограничения для инициирования референдума.
Ширилось противостояние внутри НПСР между сторонниками Зюганова и председателя исполкома Семигина.
Распадался «красный пояс» путем перехода избранных при поддержке КПРФ губернаторов на сторону Президента и «Единой России».
В июне 2003 г. КПРФ и «Яблоко» выступили с инициативой вотума недоверия Правительству, которая не получила поддержки большинства коллег по нижней палате парламента.
Думская избирательная кампания 2003 г. стала самой неудачной для партии.
В августе был создан предвыборный блок «Родина», выступавший с родственными КПРФ левыми, антиолигархическими и националистическими лозунгами.
КПРФ оказалась в жесткой блокаде со стороны СМИ. Подавляющая часть сообщений о деятельности партии носила ярко выраженный негативный характер.
По итогам голосования 4 декабря партия набрала