В начале 1996 г. стартовала подготовка к намеченным на лето президентским выборам. При поддержке Блока народнопатриотических сил на пост главы государства был выдвинут лидер КПРФ Зюганов.
15 марта Госдума с подачи представителей КПРФ и их сподвижников приняла постановление об отмене Беловежских соглашений и углублении интеграции народов бывшего СССР.
Избирательная кампания велась с привлечением значительного арсенала сил и средств как со стороны сторонников Ельцина, так и со стороны команды Зюганова.
По итогам голосования 16 июня победитель выборов не был определен – Ельцин (35,28%), Зюганов (32,04%). Перед вторым туром на сторону действовавшего Президента перешёл кандидат А. Лебедь, занявший третье место (14,7%). Во втором туре 3 июля Зюганов проиграл Ельцину (40,31% и 53,82% соответственно). По завершению подсчета бюллетеней Зюганов поздравил Ельцина с победой.
Неудача стала ударом по наступательному, решительному образу Компартии. Версия о том, что Зюганов одержал победу и отказался от власти, глубоко укоренилась. Она стала аргументом в пользу непоследовательности действий партии, её соглашательского характера.
«Проблема 1996 года» – один из ключевых факторов дальнейшего падения авторитета лидера КПРФ Зюганова, а затем и самой партии. Были поставлены под сомнение искренность партии, желание брать ответственность за судьбу страны.
Июль 1996 – декабрь 1999 гг. – стабилизация и новое наступление.
В августе 1996 г. была осуществлена институализация коалиции, поддержавшей Зюганова на президентских выборах, сформирован Народно-патриотический союз России (НПСР) под его председательством.
В 1996—1997 гг. КПРФ осторожно себя проявляла в отношении Президента и Правительства, не выдвигая инициативы вотума недоверия и получая уступки («бюджет развития» под контролем партии, телепрограмма «Парламентский час» на государственном телевидении и т.д.).
Поражение Зюганова на выборах 1996 г. отчасти компенсировалось успехом в регионах. В 1996—1997 гг. прошли прямые выборы глав субъектов Федерации, на которых в 26 случаях победу одержали члены КПРФ, а также политики, выдвинутые по линии НПСР. Образовался т. н. «красный пояс», в который вошли регионы Центра и Юга России (кроме наиболее развитых в экономическом плане), Южного Урала и Сибири.
В мае 1998 г. фракция КПРФ собрала необходимое число подписей депутатов для запуска процедуры импичмента Президента.
В августе после дефолта и отставки Кириенко руководители КПРФ противились возвращению Черномырдина на должность премьер-министра. Госдума дважды отвергала данную кандидатуру. Компромиссной фигурой стал Е. Примаков. Правительство, целью которого являлось преодоление кризиса, стало коалиционным ввиду вхождения в него представителей