Το δημοτικόν όμως κόμμα ηρνήθη να αποδεχθή το σύνταγμα τούτο, όπερ παρέδιδε τας Ιονίους νήσους εις την δεσποτείαν ολιγαρχίας παραπλησίας της Ενετικής αριστοκρατίας. Μεταξύ των δύο κομμάτων εξερράγη εμφύλιος πόλεμος· η Λευκάς, η Ιθάκη και η Κεφαλληνία συνέταξαν ίδια πολιτεύματα. Η Ζάκυνθος προέβη περαιτέρω· απωθήσασα τα στρατεύματα, άπερ κατ' αυτής απέστειλεν η, δυνάμει του βυζαντιανού συντάγματος, ιδρυθείσα κυβέρνησις, απεχωρίσθη της Ιονίου Ομοσπονδίας, αποβαλούσα δε την Ρωσικήν προστασίαν, εζήτησεν εν ετέρα δυνάμει την ελευθερίαν, ής εισέτι δεν είχεν απολαύσει, και τη 7η Φεβρουαρίου 1801, οι Ζακύνθιοι ανεπέτασαν την βρεττανικήν σημαίαν.
Επί τοσούτον δε προέβη η αναρχία, ώστε η Γερουσία ηναγκάσθη να συγκαλέση εθνικήν συνέλευσιν. Αύτη συνήλθε κατά Νοέμβριον 1801 και παρεδέξατο σύνταγμα συνάδον προς το δημοκρατικόν πνεύμα. Η μεταξύ αριστοκρατών και δημοκρατών πάλη υπήρξε διαρκής, των μεν υποστηριζόντων το βυζαντιανόν σύνταγμα, των δε το της Αξιοτίμου (Onoranda), δι' ής επικλήσεως διεκρίνετο η συνέλευσις του 1801.
Τα πολιτικά πραξικοπήματα και αι μεταβολαί διεδέχοντο αλλήλας. Τέλος κατά Σεπτέμβριον 1802, οι Ρώσοι γενόμενοι αποκλειστικοί προστάται της Δημοκρατίας απεφάσισαν να δώσωσι πέρας εις την κατάστασιν ταύτην, ήν οι πάντες απέστεργον. Προς τούτο δε εδόθη ήδε η ευκαιρία. Η Γερουσία της Δημοκρατίας ωφεληθείσα της ευκαιρίας της εις τον θρόνον αναβάσεως του Αυτοκράτορος πασών των Ρωσιών Αλεξάνδρου Α', απέστειλεν εις Πετρούπολιν έκτακτον απεσταλμένον, όστις έμελλε πρώτον μεν να προσφέρη τα συγχαρητήρια της Δημοκρατίας, έπειτα δε να ζητήση την επάνοδον του ρωσικού στρατού, όστις είχεν αναχωρήσει, συντηρουμένου αναλώμασι της Δημοκρατίας. Απεσταλμένος τοιούτος εστάλη ο Ζακύνθιος κόμης Γεώργιος Μοτσενίγος, γνωστός τοις Ρώσοις και υιός του άλλοτε πρέσβεως της Ρωσίας εν Φλωρεντία και εν ενεργεία σύμβουλος