Κατά την εκ Κωνσταντινουπόλεως της εκτάκτου πρεσβείας εις Κέρκυραν επιστροφήν, ο πατήρ του Ιωάννου Καποδιστρίου, διωρίσθη παρά της Υψηλής Πύλης τη 25 Οκτωβρίου 1800 (19 Τζεμάζιουλ Αχήρ 1215) Αυτοκρατορικός επίτροπος μετά του Νικολάου Σιγούρου κόμητος Δεσύλλα προς διοργάνωσιν των Επτά νήσων συμφώνως προς το επιβληθέν Βυζαντιανόν Σύνταγμα. Αλλά περί τούτων μεν άλις· επανέλθωμεν δε εις τον ημέτερον ήρωα.
Ο Ιωάννης Α. Καποδίστριας αυξηθείς την ηλικίαν εσπούδασε το μεν πρώτον εν τοις σχολείοις της Κερκύρας, τοσαύτην δ' επεδείξατο μάθησιν και ευφυίαν, ώστε προσείλκυσε την προσοχήν Κερκυραίου τινός, όστις λέγεται, ειπών: «Κρίμα ότι είναι Έλλην !» Βραδύτερον δε δεκαεπταέτης γενόμενος (1794) απελθών εις Ιταλίαν ενεγράφη εν τοις μητρώοις του Πανεπιστημίου Παταβίου, εν ώ εσπούδασε την ιατρικήν. Περί δε το τέλος του 1797 αποπερατώσας τας σπουδάς αυτού επέστρεψεν εις Κέρκυραν, περιηγηθείς πρότερον διαφόρους πόλεις της Ιταλίας και επισκεψάμενος τα επισημότερα αυτής Νοσοκομεία. Εν Κερκύρα αποκαταστάς μετήρχετο το επάγγελμα αυτού υπέρ των ενδεών τους εαυτού πόρους διατιθέμενος. Αλλ' ότε επέστρεψεν εις Κέρκυραν ο Ιωάννης, δεν εύρε πλέον την πατρίδα εν ομαλαίς περιστάσεσι. Κατά το έτος 1797 η Κέρκυρα ευρίσκετο εν δειναίς μεταπολιτευτικαίς περιπλοκαίς, διότι οι Δημοκρατικοί Γάλλοι του Ναπολέοντος πολεμούντες την Ενετικήν Αριστοκρατίαν, έθηκαν τέρμα εις την ύπαρξιν αυτής, και, κυριεύσαντες την Ενετίαν και τας κτήσεις αυτής, ήλθον και εις τας Ιονίους νήσους και εις Κέρκυραν, αίτιοι πολλών κακών γενόμενοι, ζητούντες διά πυρός και σιδήρου να υποτάξωσι και αναγκάσωσι πάντας, μάλιστα δε τους αριστοκρατικούς, οίτινες επί Ενετοκρατίας είχον προνόμιά τινα, να ασπασθώσι τας δημοκρατικάς αυτών αρχάς. (Συνθήκη του Κάμπο Φόρμιο, 17 Οκτωβρίου 1797). Ανηρπάγησαν περιουσίαι, εφυλακίσθησαν αδίκως έντιμοι πολίται, απεγυμνώθησαν ναοί και μοναστήρια, εφονεύθησαν αθώοι πολίται. Μεταξύ των φυλακισθέντων, ήτο και ο πατήρ του Ιωάννου Καποδιστρίου κατηγορούμενος ότι μετ' άλλων αντέπραττε κρυφίως κατά των Γάλλων. Μετά παρέλευσιν δύο ετών (1799) συμμαχήσασαι η Ρωσία και η Τουρκία επολέμησαν από κοινού κατά των Γάλλων, ούς εκδιώξασαι των Ιονίων νήσων, έλαβον αυτάς υπό την κατοχήν και την προστασίαν αυτών. Η Κέρκυρα όμως των εν αυτή Γάλλων μη υποχωρούντων, αλλ' επί τέσσαρας σχεδόν μήνας εναντιουμένων, πολιορκηθείσα τέλος ηναγκάσθη ένεκεν ελλείψεως τροφών, να παραδοθή τοις συμμάχοις. Αρχηγοί των στρατιών των