Вскоре состоялся суд, который приговорил капитана траулера Дружинина и командира Щ-424 Шуйского к расстрелу, а лоцмана Соколова к шести годам лагерей. Однако вскоре по ходатайству подводников высшую меру Шуйскому заменили на 10 лет лагерей. Ветераны считают, что в спасении жизни Шуйского помогло то самое письмо, которое с риском для жизни сочинили и отправили его боевые товарищи.
К сожалению, этими трагическими событиями неприятности для Северного флота не закончились. Уже 13 ноября 1940 года в море пропала без вести подводная лодка Д-1, «Декабрист». После двух катастроф на Северный флот прибыл с проверкой только что назначенный наркомом ВМФ Н.Г. Кузнецов. Но едва он уехал, как новая беда. В начале лета 1940 года на торпедном складе в Мурманске произошли пожар и взрыв торпед с человеческими жертвами. Непрекращающаяся череда чрезвычайных происшествий привела к снятию с должности командующего флотом В.П. Дрозда. На его место в августе был назначен контр-адмирал А.Г. Головко.
Известный писатель-маринист подводник Сергей Ковалев считает: «Трагедии Щ-424 и Д-1 сказались и на неудачах наших подводников в первые месяцы Великой Отечественной войны. Дело в том, что из-за гибели подводных лодок командирам субмарин Северного флота было строжайше запрещено погружаться в районах, где глубина превышала рабочую глубину погружения их подводных лодок. Поскольку в Баренцевом море полигонов с такими глубинами просто не существовало, приходилось уходить для отработки задач в Белое море. Часто в Белое море не находишься, а потому погружались лодки весьма редко. Это, в свою очередь, самым негативным образом сказалось на подготовке командиров лодок и экипажей».
И все же почему с Шуйским поступили столь гуманно? Разумеется, решающую роль в спасении его жизни сыграло коллективное письмо, инициированное командирами-подводниками Иваном Колышкиным и Николаем Козловым. Вспомним, что шел 1939 год и смельчаков, кто бы писал такие письма Сталину, в стране были единицы. Отметим, что письмо при этом было коллективным, а значит, выражало точку зрения всего командного состава подплава Северного флота. Сталин был мудрым человеком и прекрасно понимал, что в обстановке уже начавшейся мировой войны производить массовые аресты комсостава североморского подплава ни в коем случае нельзя. Если же, наоборот, прислушаться к подводникам и заменить статью прогоревшему командиру, это значительно улучшит моральный климат среди подписантов. Люди успокоятся и будут больше думать о том, как победить, а не о том, что их вот-вот посадят. Заметим, что вопреки «традициям» 1937–1938 годов не был расстрелян за целую серию