Штат палаты состоял из главноприсутствующего (на эту должность был назначен Д.И. Киселев), трех непременных членов, правителя канцелярии и его помощника, секретаря и экзекутора, возглавлявшего 14 присяжных, выполнявших техническую работу и наблюдавших за сохранностью «палатских достопамятностей… во время публичных обозрений». Мастеровые, ранее составлявшие значительную часть штата палаты, были полностью выведены из него.
Специальными рескриптами императора назначались почетные члены Мастерской и Оружейной палаты. Как правило, это были известные историки, деятели культуры и коллекционеры, вносившие непосредственный вклад в изучение и комплектование коллекций музея. Среди них можно назвать Н.И. Карамзина, А.И. Мусина-Пушкина, А.Н. Оленина, П.П. Свиньина и др.
В 1807 году выходит в свет издание, предпринятое по инициативе П.С. Валуева, в котором впервые были опубликованы важнейшие коллекции музея – «Историческое описание древнего Российского музея, под названием Мастерской и Оружейной палаты в Москве обретающейся» Составил его первый почетный член музея А.Ф. Малиновский.
В 1806 году по проекту архитектора И.В. Еготова было начато строительство здания для музея. Его сооружение и внутренняя отделка продолжались до 1812 года. Работа по созданию первой экспозиции музея была прервана начавшейся войной.
Славной страницей в истории музея стало спасение государственной сокровищницы во время оккупации Москвы войсками Наполеона. Сотрудники Мастерской и Оружейной палаты Д.И. Киселев, И.П. Поливанов, И.Н. Давыдов, П.М. Евреинов, И. Галанин и др. сумели упаковать ценности и скрытно вывезти их в Нижний Новгород, а затем во Владимир. Летом 1813 года экспонаты были благополучно возвращены в Москву.
Первая экспозиция музея была открыта лишь в 1814 году, когда его возглавил один из известнейших и влиятельнейших вельмож своего времени, сенатор, член Государственного совета, любитель и собиратель древностей князь Николай Борисович Юсупов.
До августа 1831 года организационная структура и штат музея остаются практически неизменными. Главноприсутствующие Д.И. Киселев, Ф.А.Ушаков, непременные члены палаты, канцеляристы, экзекутор и т. д. осуществляют каждодневную работу по учету и хранению экспонатов, организуют посещение экспозиции музея публикой.
Положение кремлевского музея в системе государственных учреждений России коренным образом изменяется Высочайшим указом императора Николая I от 22 августа 1831 года. Изменяется даже его название, отныне музей именуется