Во время царствования Алексея Михайловича значительно вырос и усложнился государственный аппарат. В 1675–1680 годах было возведено новое двухэтажное здание приказов, которое протянулось вдоль бровки холма, от Архангельского собора почти до Спасской башни. Оно завершило формирование ансамбля Ивановской площади, на противоположной стороне которой к этому времени поднялись новые корпуса и храмы Чудова монастыря, и придало более законченный вид панораме Кремля со стороны Москвы-реки.
В 1620–1680-е годы получили ярусные шатровые завершения угловые и проездные башни Кремля (кроме Тайницкой и Никольской). Промежуточные башни, и особенно башни южной, речной стороны, были надстроены скромными низкими шатрами, не мешавшими обзору кремлевских соборов и дворцов.
К концу XVII века Кремль достиг своего расцвета. Самобытная красота и выразительность его архитектурно-художественного ансамбля вызывала у современников не только искреннее восхищение, но и образное сравнение с райским градом Иерусалимом.
Вместе с XVII столетием закончился средневековый период русской истории с его традиционной культурой, устоявшимся бытом, представлениями о мироздании. «Златоглавая матушка Москва» выполнила свою миссию собирания земель и создания единого Российского государства.
Новый, XVIII век, начался бурной преобразовательной деятельностью Петра I. В 1712 году столица России была перенесена на берега Невы в город святого Петра – Санкт-Петербург.
А для Москвы (так уж случилось) первый год нового столетия начался страшным пожаром в Кремле. Петр I приказал в его выгоревшей части, между Троицкой и Собакиной башнями, строить Арсенал (Цейхгауз). Шла Северная война, и Карл XII готовил поход на Москву. В связи с этим Кремль был укреплен бастионами и рвами. После знаменитой победы под Полтавой опасность миновала.
Здание Арсенала было достроено только в 1736 году императрицей Анной Иоанновной.
В XVIII и XIX веках Успенский собор Московского Кремля по-прежнему оставался главным храмом России. Как в старину, так и теперь здесь освящалась высшая государственная власть. Для пышной церемонии коронации в Кремль приезжали все императоры и императрицы. Но древний Кремль все меньше и меньше отвечал требованиям престижа, комфорта и вкуса Нового времени. Неизбежно он стал менять свой облик. На месте древних палат и церквей, владений бояр и монастырей стали появляться современные дворцы.
В 1749–1753 годах были разобраны палаты Государева двора XV века, и на их основаниях Ф.-Б. Растрелли возвел в стиле барокко новый каменный Зимний дворец, выходивший одной стороной к Соборной площади, а другой – к Москве-реке.
В 1756–1764 годах