После того как королева попыталась отменить парламентские дебаты по поводу назначения наследника, в Лондоне начали появляться плакаты, подвергавшие критике ее поведение. Они, кроме того, несправедливо обвиняли Уильяма Сесила в том, что наследник не был назначен. О королеве складывалось мнение как о безответственной и пренебрегающей благополучием своих подданных.
Елизавета и правда отказывалась провозгласить наследника и всячески пыталась не допустить обсуждения этого вопроса.
Что касается религии, то Сесил являлся противником преследований, но признавал необходимость государственной религии. Елизавета не хотела разрывать связи с папским престолом. Только жесткая политика папы Павла IV, который объявил младшую дочь Генриха VIII незаконнорожденной, окончательно оттолкнули Елизавету от католичества. Сесил убедил королеву, что в ее интересах выступать за реформированную церковь. Это был мудрый совет: английские католики считали сомнительными права Елизаветы на престол и были склонны устраивать заговоры в пользу шотландской королевы Марии Стюарт, которую объявили единственной законной наследницей трона. В 1559 году были изданы парламентом законы, окончательно сформировавшие англиканскую национальную церковь. Именно благодаря искусству Сесила, в палате лордов прошел, правда, не без труда, билль, восстанавливающий господство короны над церковью.
Влияние на королеву считалось очень важной стороной. Секретарю следовало узнать, в каком настроении королева, прежде чем идти на встречу с ней; он не должен был поднимать важных вопросов, если она была сердита; он должен был вести непринужденную беседу, чтобы отвлечь ее, когда она подписывала официальные документы; и он должен был поддерживать хорошие отношения с ее фаворитами во время заседаний.
Однажды Сесил был взбешен тем, что доклад поступил прямо к королеве, миновав его. В июне 1568 года Фрэнсис Ноуллз написал Сесилу тринадцатое письмо, посланное с тех пор, как он стал стражем Марии Стюарт в замке Болтон; два попали к королеве, одно к Совету, а десять остались у Сесила. Таким образом, секретарь мог влиять на королеву, отбирая информацию, а также тем, как он ее представлял.
Он доказывал королеве необходимость общего союза с европейскими протестантскими государствами. Против него Норфолком был составлен заговор, но опытный политик сумел расстроить планы Норфолка, поссорив его с сообщниками. Узнав о переговорах Норфолка с Филиппом Испанским, Сесил арестовал его (1571).
В 1586 году Сесил получил титул лорда Берли, но впал в немилость после казни Марии Стюарт (1587), как и другие министры, выступившие за смертный приговор.
Англия извлекала большие выгоды из войн на континенте. В 1588 году была одержана знаменитая победа над испанской «Непобедимой армадой», чему в немалой степени способствовала