Поэтому в трудные моменты итальянской и европейской истории именно Макиавелли посылали в другие государства и чужие страны.
В 1503 году он находился в войске Цезаря Борджа, занявшего Перуджу, Ассизи, сиенские замки. Затем его срочно направили в Рим в связи со смертью Александра VI и выборами нового папы, Юлия II.
В 1504 году он вторично прибыл во Францию, в Лион, с новыми инструкциями флорентийскому послу при Людовике XII Никколо Валори, который в письмах к Десяти лестно отзывался о Макиавелли, помогавшем ему советами.
В следующем году он был послан с дипломатическими поручениями к синьору Перуджи Бальони, к маркизу Мантуи и синьору Сиены Пандольфо Петруччи, а еще через год представляет республику при Юлии II, который во главе своих войск выступил против Перуджи и Болоньи. Флорентийский посол должен был в дипломатичной форме сообщить воинственному папе, что Флоренция, хотя и является его союзником, пока не может оказать ему помощи в его «святом деле».
В декабре 1507 года Макиавелли направили в Тироль к императору Максимилиану с новыми инструкциями для флорентийского посла. Результатом его ознакомления с обстановкой в немецких землях был доклад «Описание событий, происходящих в Германии».
В 1509 году он был послан в Мантую для уплаты денежного взноса республики королю Максимилиану, а затем в Верону, откуда наблюдал за ходом военных действий между Венецией и союзниками Флоренции.
В следующем году Макиавелли в третий раз отправился с дипломатической миссией во Францию для переговоров о совместной борьбе против Венецианской республики. После этой поездки появились его «Описания событий во Франции». Через несколько месяцев его снова послали во Францию через Милан для обсуждения вопроса о Пизанском церковном соборе, который организовал Людовик XII против папы Юлия II. Этот собор открылся в ноябре 1511 года, и Макиавелли был послан туда республикой, чтобы наблюдать за развитием событий.
В 1512 году произошли драматические события, которые привели к гибели Флорентийскую республику и пресекли бурную политическую деятельность Никколо Макиавелли. 11 апреля испанское войско захватило Прато, учинив там беспощадную резню и грабеж. Пьеро Содерини бежал из Флоренции, где была восстановлена синьория Медичи; в результате переворота Макиавелли лишился должности и был выслан на год из города.
В следующем году был раскрыт заговор против Медичи во главе с Боски. Заподозренный в соучастии Макиавелли в марте 1513 года был брошен в тюрьму, подвергнут пытке – ему нанесли шесть ударов плетьми. Он вышел из заключения только благодаря амнистии, объявленной в связи с избранием на папский престол Джованни Медичи, принявшего имя Льва Х. Как неблагонадежному ссыльному Макиавелли разрешили проживать в принадлежавшем ему небольшом