Так, в ноябре 1807 года англичане захватили русский фрегат «Спешный» и транспорт «Вильгельмина» с грузами и деньгами для эскадры под командованием адмирала Дмитрия Николаевича Сенявина в Средиземном море, блокировали иностранные порты, где находились русские корабли, захватывали торговые суда России, совершали набеги на прибрежные районы.
В ноябре 1807 года английская эскадра блокировала русскую эскадру Сенявина в Лиссабонском порту. К тому времени Португалия была оккупирована французами, и Лиссабон был занят войсками под командованием генерала Жюно. Адмирал Сенявин оказался между двух огней. Требовалось исключительное дипломатическое искусство, чтобы сохранить русскую эскадру. Наполеон стремился использовать русские корабли для борьбы против Англии. Александр I послал указ Сенявину, в котором ему предлагалось исполнять все предписания, «которые от его величества императора Наполеона посылаемы будут». Сенявин, крайне неприязненно относившийся к Тильзитскому миру и к «дружбе» России с Наполеоном, сумел сохранить русскую эскадру от посягательства со стороны Наполеона.
В августе 1808 года английские войска вошли в Лиссабон. Английский адмирал Коттон, понимая, что русская эскадра на сдачу не пойдёт, был вынужден пойти на переговоры и 23 августа (4 сентября) 1808 года подписать с Сенявиным особую конвенцию. Согласно этой конвенции русская эскадра должна была отправиться в Англию и находиться там до заключения мира между Англией и Россией, после чего возвратиться в Россию. 31 августа (12 сентября) 1808 года эскадра Сенявина под русским флагом, состоявшая из семи кораблей и одного фрегата, отбыла из Лиссабона. Корабли «Рафаил» и «Ярослав» оказались с такими повреждениями, что их пришлось оставить в Лиссабоне для ремонта. В течение всего плавания двух эскадр (русской и английской) от Лиссабона до Портсмута русский флаг развевался на всех кораблях эскадры Сенявина. Мало того, желая выразить своё почтение к русскому флотоводцу, Коттон заявил, что так как Сенявин выше его чином, то «соединённая эскадра» идёт под верховным командованием Сенявина. 27 сентября 1808 года эскадра прибыла на портсмутский рейд. По прибытию в Портсмут, Сенявин поднял на русских кораблях флаги, которые развевались целый день, несмотря на протест британского адмиралтейства, заявившего, что «неприятельский флаг» должен быть спущен. Семь русских кораблей и один фрегат, то есть вся материальная часть эскадры, были сданы в английский арсенал в Портсмуте 3 августа 1809 года под квитанции. 31 июля 1809 года русские команды были переведены на 21 транспортное английское судно и 5 августа отчалили от Портсмута, а 9 сентября 1809 года прибыли в Ригу и вышли на русский берег.27 По возвращении в Петербург Сенявин попал в опалу и фактически был понижен в должности: три года он исполнял свои прежние обязанности командира Ревельской флотилии.