В 1557 году царю Ивану IV сообщили о разорении ногайской столицы Сарайчика некими «яицкими казаками». По архивным данным, в 1560 году в окрестности этого города совершили поход «калмаки». Именование казаков в донесениях разными прозваниями может объясняться тем, что во всех случаях речь шла об одних и тех же казаках, и дополнительных разъяснений современникам не требовалось.
В 1562 году Даянов правнук – новый Золотой царь, известный из китайских источников под прозвищем «Ху тухтай – Се цен – хунтайджи» (настоящее его имя до нас не дошло), выступил против казаков пограничья Алтай-Тянь-Шаньского региона, разгромил их и принудил к отступлению сначала до берегов Иртыша, а затем и далее – на Яик, Волгу и Дон. Причинами поражения казаков Центральной орды стали их раздробленность и разногласия по вопросу выборов нового верховного атамана. К тому же многие считали законными притязания наследника Стального Императора по даяновской линии на общее руководство казаками.
О постоянных конфликтах Золотого царя и атаманов Центральной орды сообщает монгольская летопись «Эрденийн эрихэ». В 1577 году царь Абат нанес поражение несогласным казакам в местности Кубкэр-Гэрийн и принудил их частью подчиниться, а частью покинуть свои земли и уйти на запад. В это же время другой восточно-монгольский правитель, Лойхор, также выступил против Центральной орды.
В 1586 году алтайские казаки взбунтовались, убили наместника Золотого царя, «халхасского Субагатая», и попытались восстановить свою самостоятельность. Предприятие окончилось неудачей, и предводители восстания со своими отрядами и семьями были вынуждены отступить на Южный Урал.
Донесение ногайских татар служилых юртов Астраханскому воеводе гласит: «25 августа 1586 г. казаки приходили на Хозячен-Улус и взяли у ногаев казаки ногайских людей половину с трехста душ. А атамана у казаков Матюшей зовут, и было де казаков человек с пять сот. А поставлено де у них на Лике три городки…» Позже ногайцы сообщали: «А казаков ногай де облегли, а казаки де стоят на Лике в крепости, а около воды и суды, и лошади, и всякая животина у них есть…» В том же году яицкие казаки разгромили Хозячен-Улус.
В 1587 году казаки Алтай-Тянь-Шаньского региона вновь восстали и разбили войско Золотого царя. В этом году верховным атаманом («даргой») уже был правитель «Передовой Гвардии» Багасов.
Год спустя правители Турфана нанесли местным казакам поражение и принудили их уйти и искать себе пристанища в иных землях. В 1591 году ногайский князь Урус жаловался царю Федору: «В те поры,