До Цанг Деси дошли слухи о плане Гуши-хана, и он обратился за помощью к Чонгту. В 1635 году тот отправил своего сына, Арсаланга, с десятитысячным войском в Центральный Тибет на помощь Цанг Деси. Гуши-хан каким-то образом узнал о его плане и немедленно отправился на перехват. Арсаланг двигался в сторону Лхасы под видом паломника, и Гуши-хан встретился с ним в Восточном Тибете. Постепенно они стали друзьями.
По пути в Лхасу Арсаланг попытался встретиться с Десятым Кармапой. Но Кармапа считал его злодеем (в главе 27 биографии Кармапы указано, что Десятый Кармапа отказал Арсалангу в аудиенции).
Арсаланг въехал в Лхасу, встретился с Пятым Далай-ламой и стал его последователем. Как следствие, он изменил договору своего отца с Цанг Деси и в 1636 г. Напал на армию Цанга в Дам Жунге. Во время военных действий правительство Цанга обратилось к Десятому Кармапе и Таглунгу Шабдрунгу, главе школы Таглунг Кагью, а также другим духовным лидерам с просьбой встретиться с Арсалангом, чтобы мирно разрешить конфликт. Духовным лидерам удалось сдержать войну, и мир был временно восстановлен.
Когда Чонгту узнал о предательстве сына, он отправил войска убить его. Узнав о смерти Арсаланга, Гушихан напал на Чонгту в Цо Нгоне, северном районе, захваченном Арсалангом. Там он уничтожил армию Чонгту и убил его в 1637 году.
В 1638 г. Гуши-хан отправился в Центральный Тибет под видом паломника, где встретился с Пятым Далайламой. В храме Джоканг перед статуей Будды администраторы Гелуг возвели Гуши-хана на трон и дали ему титул Тензин Чёкьи Гьялпо, что означает «духовный царь и держатель Буддадхармы». Монголы, в свою очередь, дали титулы администраторам Гелуг. После этого Гуши-хан вернулся в область Коконор, где годом ранее победил армию Чонгту.
Шпионы Гуши-хана перехватили письмо вождя Бери, под чьим контролем была область Кхам, к Цанг Деси. В письме содержалась схема атаки на Гелуг в ответ на поражение Чонгту.
Гуши-хан отреагировал быстро, отправив Пятому Далай-ламе письмо, в котором сообщал, что готов напасть сначала на вождя Бери, а затем на Цанг Деси. Администратор Далай-ламы Сонам Чопал пошел против воли своего духовного лидера и по собственной инициативе попросил Гуши-хана уничтожить вождя, что Гуши-хан и сделал в Дерге. Так началось вторжение монголов в Тибет. Гуши-хан объединил силы с царем Дерге, Ланченом Джампой Пунцогом, и вместе они разгромили всю армию вождя Бери, убив его самого зимой 1640 года[44].
С этой победой Гуши-хан завоевал часть Восточного Тибета и начал планировать нападение на Цанг в Центральном Тибете. Он отправил послание Сонуам