В это времен у турок возникли проблемы в Азии с туркоманскими кочевниками – беспокойными племенами, которые с незапамятных времен скитались по пограничным областям Анатолии. Теперь они, благодаря подстрекательству из-за сирийской и персидской границ, постоянно бунтовали против центральной власти. В ходе шести последовательных ежегодных военных операций османы сражались за господство над ними против сил мамлюкского султана в Сирии, и мир был достигнут только ценой османских пограничных уступок мамлюкам.
Недовольство туркоманов возникло из-за введения по мере развития империи власти централизованной администрации, которая стремилась установить над ними контроль и обложить налогом, ограничив их прежнюю племенную автономию и защищая оседлое сельскохозяйственное население от их разрушительных набегов. Носившие красные шапки и известные с тех пор как кызылбаши, или «красноголовые», они были религиозными еретиками. В пограничных регионах Персии их всячески поддерживало духовное и политическое руководство Исмаила, нового правителя, который в 1502 году провозгласил себя персидским шахом. Унаследовав амбиции Узун-Гасана и племенные связи «белобаранных», Исмаил последовал его примеру, ища союза с Венецией, и сам возглавлял набеги на османскую территорию. Тем временем мятежные силы кызылбашей, действуя от его имени, дошли до стен Бурсы, где в сражении погиб великий визирь Баязида Али-паша. Исмаил утверждал, что является прямым потомком Пророка по линии зятя Мухаммеда – Али, и провозгласил официальной религией государства шиизм – ветвь ислама, которая поддерживала законность претензий Али на халифат и к которой (с ее мистицизмом и созерцательностью) народ Персии был особенно привязан. В отличие от шиизма суннитский ислам, который поддерживал претензии рода Омейядов и который был господствующей верой исламского общества, с тех пор стал именоваться ортодоксальным.
Исмаил приобрел известность как великий суфи, а его неортодоксальные верования завоевали широкую поддержку во всей Восточной и Южной Анатолии. Сам Баязид, склонный к мистике, продемонстрировал некоторую симпатию к философским доктринам суфизма. Но ему пришлось отказаться от него, когда суфизм стал использоваться иностранным монархом в качестве инструмента политической подрывной деятельности в его собственных границах. Османские армии выступили против Исмаила, хотя и не вынудили его принять сражение.