Поэтому Мехмед не терял время при выборе нового патриарха. Последний обладатель патриаршего трона бежал в 1451 году в Италию и, таким образом, считался отрекшимся. Выбор султана пал на монаха Геннадия, иначе Георгия Схолария – известного ученого. Геннадий возглавлял оппозицию греков союзу греческой ортодоксальной и Римско-католической церкви, предложенному в качестве последней попытки получить западную помощь для города. А значит, представлялось маловероятным, что он может плести интриги с западными христианами. Когда султан вызвал к себе Геннадия, оказалось, что тот был выдворен из своей монашеской кельи и стал рабом богатого турка, на которого произвела впечатление его ученость. Выкупленный у своего хозяина монах Геннадий был доставлен к Завоевателю, который отнесся к нему с большим почтением, убедил принять патриарший престол, а также обсудил с ним условия конституции, по которой надлежало жить общине православных христиан. Согласно конституции грекам предоставлялись такие гарантии, которые давали им, по крайней мере, относительную свободу вести свои дела, как религиозные, так и, в некоторой степени, гражданские, без вмешательства и без угрозы преследований. Назначение Геннадия было узаконено, согласно установившейся практике, Священным синодом по рекомендации султана.
В январе 1454 года Геннадий был введен в сан греческого патриарха под покровительством султана, взявшего на себя функции византийских императоров и выполнившего большую часть их традиционного церемониала. Султан лично преподнес Геннадию регалии сана – мантии, посох и новый позолоченный нагрудный крест из серебра взамен исчезнувшего старого. Затем султан напутствовал Геннадия словами: «Будь патриархом со счастливой судьбой и будь уверен в нашей дружбе, сохраняя все привилегии, которые имели все патриархи до тебя». Патриарх получил полную власть над миллетом Рума, Восточно-Римской (Византийской) общиной и церемониальный ранг паши с тремя бунчуками, сохраняя свой гражданский суд и тюрьму в греческом квартале Фанар. Поскольку церковь Святой Софии была превращена в мечеть, последующая церемония его посвящения в сан и возведения на престол была проведена в церкви Святых Апостолов, защищенной приказом Мехмеда от разрушения, чтобы использовать ее как церковь патриарха. После получения от султана щедрого дара золотом новый патриарх во главе процессии объехал город на великолепном белом коне, также подарке султана, а затем занял свою резиденцию на территории церкви Святых Апостолов.
Церковь Святых Апостолов была одной из нескольких христианских церквей, которая после завоевания использовалась для христианских богослужений, некоторые из них – в обмен на подчинение султану соответствующих приходов, другие храмы были переделаны в мечети. Церковь Святой Софии, став мечетью, сохранила свое название: в исламской форме как большая