Другой конфликт возник в Албании, где появился новый борец за сопротивление туркам, сравнимый с Хуньяди в Венгрии. Это был Георгий Кастриоти, сын албанского вассального князя христианского происхождения, которого воспитывали и обучали, когда он был заложником при дворе султана. Там он был обращен в ислам и служил в турецкой армии. Там же он получил имя Искандер-бег, или господин Александр, в результате чего стал в конечном счете известен как Скандербег. Будучи храбрым и патриотично настроенным воином, он бежал из турецкой армии, чтобы сражаться за свою собственную веру и страну, возглавив сопротивление своих соотечественников, которое в целом совпадало с сопротивлением, организованным Хуньяди. В 1448 году оба лидера объединили силы в рамках наступления венгров на турок, поддержанного также сербами и боснийцами. Мурад быстро нанес им поражение на историческом поле битвы под Косовом, где шестьюдесятью годами раньше его предок Мурад I нашел свою смерть в момент победы над сербами и венграми. Это поражение означало конец независимости Сербии. На некоторое время была подорвана и военная мощь Венгрии. Босния стала вассальным государством османов. Однако в Албании Скандербег из своей неуязвимой крепости в Крое, ведя активную партизанскую войну, противостоял всем попыткам завоевания, тем самым унизив Мурада на склоне лет, а затем, на протяжении последующих двадцати лет, – аналогичным попыткам Мехмеда. В период пребывания в Магнесии Мехмед воспылал чувствами к девушке-невольнице по имени Гюльбахар, предположительно албанского или греческого христианского происхождения, которая родила ему сына, позже правившего под именем Баязида II. Мурад, руководствуясь династическими соображениями, посчитал ее недостойной невестой для своего сына и позже, когда юный наследник достиг семнадцати лет, устроил для него более подходящую партию, женив его с соответствующими торжествами на Ситт-ханум, дочери важного туркменского князя. Но Мехмед никогда не любил ее; она не родила ему детей; и когда он перевел свой двор в Константинополь, ее не взяли, оставив забытой в гареме дворца в Адрианополе. Впредь ни одна женщина не играла существенной роли в его чисто мужской жизни.
В последние годы своей жизни Мурад стал проявлять больше дружелюбия к сыну, который наносил визиты в Адрианополь и сопровождал отца в нескольких военных кампаниях. Мехмед принял свое боевое крещение, командуя анатолийскими войсками в битве под Косовом, и участвовал вместе с отцом в безуспешной осаде Крои в Албании в 1450 году. Когда годом позже Мурад скончался от апоплексического удара, Мехмед находился в Магнесии. Получив известие, он, как гласит история, немедленно вскочил на своего арабского коня и поскакал к северу, к Геллеспонту, со словами: