Кокандский поход можно условно разделить на два этапа: осенний и зимний. 21 августа русские войска завязали бой у кишлака Каракчикум. Противника ожидал сюрприз. Кокандцы, привыкшие действовать навалом, буквально опешили, когда невидимая сила разорвала и разметала их ряды. А это Скобелев, словно заправский артиллерист, дал приказ установить орудия на прямую наводку. После такой внушительной артподготовки конница, пользуясь паникой противника, довершила его разгром. 22 августа почти пятидесятитысячная армия кокандцев сосредоточилась у города Махраме. Но русские войска имели уже достаточный боевой опыт, и численное превосходство уступило организации и умелому взаимодействию родов войск. Несмотря на отчаянное сопротивление, на затопленную перед укреплениями местность, неимоверный огонь, Скобелев с отрядом ворвался в город. Его желтый знак метался по полю сражения, словно вихрь. Раненный в самом начале сражения в ногу, он не слез с коня до той минуты, пока противник не перестал сопротивляться. Победителям достались тридцать девять орудий и девятьсот пленных.
До Коканда движение войск было мирным, население городов открывало ворота и встречало русских подношением даров. Участник этого похода подполковник Маев вспоминал: «Доверие населения к вступившему в Кокандское ханство русскому войску было полное». В Коканде К. П. Кауфмана встретил хан Насреддин. Здесь был подписан мирный договор, по которому подтверждались права русского купечества на торговлю, к Туркестанскому губернаторству присоединялся правый берег Сырдарьи с городами Чустом и Наманганом.
Скобелев с двумя ротами солдат да шестью сотнями казаков еще несколько дней преследовал остатки отряда Автобачи. Затем настиг его и разбил, захватил всю артиллерию и обоз. В руках Скобелева оказался «меккский значок» кокандского военачальника, но самому ему удалось скрыться.
Русские войска покинули Коканд. Почти сразу же в город ворвался Абдуррахман (его поддержало кипчакское население, не желавшее признавать себя побежденным), сверг Насреддина и отдал престол предводителю кара-киргизов, получившему официальное имя Пулат-хан. Воинственные призывы накалили обстановку, и «священная война» развернулась с новой силой. Используя тактику внезапных налетов, отряды кокандцев изрядно досаждали русским гарнизонам. Терпение имело предел. К. П. Кауфман поручил генерал-майору В. Н. Троцкому покончить с набегами. Генерал сформировал отряд в составе пяти с половиной рот, трех с половиной сотен казаков, шести орудий, четырех ракетных станков. На Скобелева возлагались обязанности начальника штаба. Вполне может возникнуть вопрос: о каком планировании операций могла идти речь, когда действия отряда целиком и полностью зависели от поведения противника? И вот здесь-то и пригодился опыт Скобелева. В большинстве случаев ему приходилось вести обычную разведку. Зачастую она перерастала в сражение.