Таким образом, в преддверии нападения Германии на СССР коммунисты в протекторате лишились центрального руководства и налаженной связи с местными организациями. Нелегальный аппарат приходилось строить с нуля и с новыми, часто не очень опытными в делах конспирации людьми. Былой централизации руководства коммунисты так и не смогли наладить вплоть до конца войны. Прервалась и связь с Москвой. Теперь коммунисты могли только принимать просьбы и указания московского центра КПЧ, передаваемые по радио.
Тем не менее к 22 июня 1941 года только КПЧ располагала на территории протектората сетью подпольных организаций. Некоммунистическое Сопротивление такой единой сети, по сути, так и не сумело создать.
22 июня 1941 года после вероломного нападения гитлеровской Германии на СССР ситуация в мире изменилась коренным образом. К Гитлеру присоединилась и Словакия, объявившая 23 июня о разрыве дипломатических отношений с СССР.
В первые дни войны Бенеш под влиянием своих военных советников считал, что СССР потерпит быстрое поражение. Такая недооценка мощи Красной армии в то время была свойственна практически всем западным военным, особенно после советско-финской войны 1939-1940 гг.
Для Англии и США вступление СССР в войну было спасением. Неудивительно, что уже 22 июня 1941 года Черчилль по радио заявил о готовности Англии предоставить «русскому народу» любую помощь. Правда, Великобритания особенно ничем помочь не могла, так как сама зависела в вопросе военных поставок от США. На следующий день с таким же обещанием выступил президент США Рузвельт. Зато будущий президент США и преемник Рузвельта Гарри Трумэн 24 июня 1941 года заявил на страницах «Нью-Йорк Таймс»: «Если мы увидим, что Германия побеждает, мы должны помогать России, а если верх будет одерживать Россия, мы должны помогать Германии, и пусть они, таким образом, убивают друг друга как можно больше».
12 июля 1941 года Англия и СССР подписали соглашение о сотрудничестве в войне против Германии.
В августе 1941-го глава чехословацкой военной миссии в Москве Пика отправил Бенешу секретное послание с итогами своей деятельности на тот момент и с оценками советской политики в отношении Чехословакии: «…Общая линия политики Сталина направлена на поддержку любых действий (и в любом месте) против колониального империализма и против капиталистическо-демократических правительств. Даже если выражалась симпатия к каким-либо народам, то это касалось пролетариата, а никоим образом не правительств