Усиление охраны Новодевичьего монастыря оказалось не напрасным: стрельцы попытались вывести царевну подземным ходом. Солдатский караул, которым командовал капитан И. Ю. Трубецкой, сумел, однако, пресечь побег. Вопреки здравому смыслу «провинившиеся» были отосланы в свои полки, расквартированные в районе Великих Лук, где вскоре началось брожение. Шестого июня 1698 г. взбунтовавшиеся стрельцы сместили своих начальников, избрали по четыре выборных от каждого полка и двинулись к столице. Цель восставших (около 4000 человек) была очевидна: возвести на престол царевну Софью или, в случае отказа Софьи, ее фаворита B. В. Голицына.
Правительство выслало против стрельцов четыре полка (2300 человек) и дворянскую конницу под командованием А. С. Шеина и П. И. Гордона. Восемнадцатого июня под Новоиерусалимским (Воскресенским) монастырем стрельцы потерпели поражение. Пленных, как водится, подвергли наказанию – 56 стрельцов немедленно казнили. Вскоре последовала казнь еще 74 человек из числа бежавших в Москву и пойманных по розыску; остальных отправили в ссылку. Но Петра это не устроило. Двадцать пятого августа 1698 г. он прервал свой вояж и возглавил новое следствие («великий розыск»). В результате с сентября 1698 г. по февраль 1699 г. были казнены 1182 стрельца, биты кнутом, клеймены и сосланы – 601. Расформировали даже московские стрелецкие полки, не участвовавшие в восстании, более того, стрельцов вместе с семьями выслали за пределы столицы.
Отныне функции охраны возлагались на 1-й и 2-й солдатские «выборные» полки. Их назвали Лефортовским (по имени командира – верного соратника государя Ф. Лефорта) и Бутырским (по месту дислокации; командир – П. Гордон). Но главной силовой опорой Петра оставались Преображенский и Семеновский полки, получившие звание лейб-гвардейских (полки личной гвардии).
Лейб-гвардейские полки имели три основные функции:
политическую (опора царской власти);
воспитательную (подготовка кадров для армии и для гражданской службы);
боевую (выполнение любой военной задачи).
Продолжая традиции отца, Петр назначал кандидатов на высшие (в том числе военные) должности не по знатности, а по способностям и заслугам. Предпочтение отдавалось, как правило, выходцам из гвардейских полков.
Знаток истории российской армии А. А. Керсновский так писал о Петровской гвардии:
«Служба всегда начиналась с нижних чинов. Кандидаты в офицеры поступали рядовыми в один из гвардейских полков – Преображенский или Семеновский. Там, протянув лямку пять-шесть лет, а кто и более (смотря по способности), они получали звание гвардии капрала либо сержанта и переводились в армейские полки, „писались в армию“ – прапорщиками либо подпоручиками. Оба гвардейских полка содержались в двойном против прочих комплекте (четыре батальона вместо двух)