В сентябре 1603 г., под давлением католиков-роялистов, король разрешил иезуитам вернуться во Францию, более того, его духовником стал иезуит Пьер Коттон. Вероятно, Генрих полагал, что, если иезуиты имеют во Франции столь сильное влияние, необходимо сделать их союзниками и использовать в своих целях. Однако сами иезуиты считали короля, допустившего веротерпимость и несколько раз менявшего веру из политических соображений, закоренелым еретиком.
К 1610 г. орден иезуитов во Франции значительно окреп: в четырех орденских провинциях насчитывалось 36 коллегий, 5 новициатов, один дом профессов и одна миссия. Самая большая иезуитская школа Ла-Флешь, основанная лично Генрихом IV, насчитывала 1200 учеников, в основном благородного происхождения. При этом проповедники-иезуиты постоянно вели стратегическую пропаганду против еретиков. Не называя имени короля, они обличали его потворство гугенотам, и семена нетерпимости давали все больше всходов в почве, удобренной кровопролитными религиозными войнами предыдущего столетия.
Весной 1610 г. во Франции стали распространяться активные слухи о предстоящей войне, в которой Генрих IV намеревался принять участие на стороне протестантских князей Священной Римской империи против австрийских и испанских Габсбургов. Обеспокоенные иезуиты стали открыто выступать против этой войны. С ними были солидарны многие. Шестнадцатого мая 1610 г., на следующий день после коронации ревностной католички Марии Медичи, жены Генриха, и за пять дней до отъезда в войска, король был смертельно ранен Жаном Франсуа Равальяком. Террорист был ярым католиком, который не скрывал своего недовольства той религиозной свободой, которой при Генрихе IV стали пользоваться гугеноты.
Поспешно проведенное следствие не установило сообщников убийцы, а сам он даже под пыткой продолжал утверждать, что действовал в одиночку. (Известно, что исповедник погибшего короля, иезуит отец Коттон, убеждал Равальяка не обвинять «добрых людей».) В любом случае смерть Генриха IV была выгодна всем папистам: Габсбургам, иезуитам и Марии Медичи, которая могла править Францией до совершеннолетия Людовика XIII, которому было всего девять лет. Недаром когда Жаклин д’Эскоман дала показания против предыдущей фаворитки Генриха IV, маркизы де Верней, и герцога д’Эпернона, она была обвинена