В 1816 году достаточно опытный горный специалист Евграф Ковалевский был переведен в Санкт-Петербург и зачислен в Департамент горных и соляных дел, входивший в состав Министерства финансов Российского государства, но связи с Донецким краем не прекращал. В январе 1818 года в связи с пошатнувшимся состоянием производственных дел его командировали на Луганский завод с заданием «изыскать средства к скорейшему и удобнейшему устройству сего завода». Кроме того, ему поручено было обозреть Бахмутские соляные источники. Изучив положение дел, он продолжал считать, что единственный на юге России завод должен стать центром развития промышленности края и, прежде всего, металлургии и горного дела. Но без организации детального геологического исследования Донецкого горного кряжа, поисков нужных материалов для выплавки чугуна осуществить большое дело невозможно. Свое видение он доложил горному департаменту, и его предложения были приняты. Вскоре созданная на Луганском заводе поисковая партия положила начало систематическим геологическим исследованиям Донецкого бассейна. Столичный чиновник дал уверенный прогноз о наличии в районе города Бахмута (ныне город Артемовск) залежей каменной соли. Удачное выполнение поручений дало основание горному начальству считать Ковалевского человеком знающим и энергичным.
В Департаменте горных и соляных дел вначале Ковалевский занимал должность чиновника для особых поручений. Поручения и в самом деле были разными. Он не только откомандировывался на Луганский завод, его в составе комиссии направляли для ревизии «хребта Уральского», работал в качестве члена комиссии «для исследования открывшихся в Гороблагодатских заводах беспорядков и упущений», на Златоустовских заводах исследовал «действия тамошнего начальства». Там разобрал не только совершившиеся злоупотребления, но и на будущее прочно обеспечил административный порядок.
С Урала вернулся в марте 1822 года уже на новую должность – находясь в Златоусте, его назначили начальником чертежной при Департаменте горных и соляных дел, которую, по современным понятиям, можно отнести к проектно-конструкторскому институту. В это время он уже имел чин берггауптмана (полковника). Вскоре ту должность стал совмещать с должностью управляющего монетным двором. Через год с небольшим был назначен инспектором над классами Горного кадетского корпуса, но приходилось выполнять и «особые поручения». В феврале 1824 года вместе с двумя генерал-майорами военного ведомства переосвидетельствовал оружие в Московском арсенале, доставленное из Златоустовской оружейной фабрики неисправным, входил в состав комитета для устройства горных заводов, был членом комитета по организации «Горного журнала», членом комиссии для постройки Александровского литейного завода в Петербурге. В мае 1825 года Евграф Ковалевский был утвержден вице-директором Департамента