Но в вопросах веры Сигизмунду и иезуитам не удалось сладить даже с простонародьем. Уния споткнулась о православные братства. Они издревле существовали при храмах в разных городах. Прихожане содержали свои церкви и священников, выбирали для этого старост, органы самоуправления, устанавливали правила взносов, собирали общие «братчины» на престольные праздники. Некоторые храмы принадлежали ремесленным и купеческим городским общинам, служили их центрами, в них заседало правление, хранилась общинная казна. А в условиях, когда на православие периодически возобновлялись гонения, братства вырабатывали готовность сопротивляться, созывать прихожан на защиту своей церкви.
Самое острое противостояние с католиками было в западных районах – во Львове, Вильно. Здесь городские власти вообще принимали постановления, запрещавшие православным торговать, вступать в ремесленные цехи, даже строить дома в городской черте. Но Львовское и Виленское братства стали самыми боевыми, сплоченными. В них состояли богатые купцы, шляхтичи. Они подбирали и содержали умелых юристов, которые постоянно жили в столице, при необходимости подавали судебные иски, добивались отмены незаконных решений. Очередная атака на православие началась как раз во Львове, мы уже говорили, как в 1584 г. католики громили и захватывали храмы.
Львовское Успенское братство мобилизовало все свои силы, готовилось к противодействию. Нашло хороших преподавателей и организовало собственную школу в противовес иезуитским. Было решено также создать свою типографию для выпуска православной литературы. За помощью в финансировании братство обратилось в Москву, и российское правительство охотно откликнулось, Борис Годунов прислал значительные пожертвования. У братства была налажена и сеть информаторов-единоверцев в разных городах, в церковных кругах, в Варшаве. О проектах унии узнали заранее и позаботились о защите. Делегаты из Львова сумели получить аудиенцию у Константинопольского патриарха и получить от него право ставропигии: отныне братство в духовном отношении стало подчиняться напрямую патриарху, минуя Киевского митрополита.
Таким образом, к принятию унии оно оказалось уже готово. Киевская митрополия подчинилась решениям Брестского собора, но львовская община в митрополию не входила и исполнять ее предписания не намеревалась. Увидев такое «окно», в братство стали обращаться священники, жившие в других местах, далеко от Львова. Невзирая на это, их принимали в Львовское братство вместе с их приходами, и право ставропигии распространялось на них. А остальные православные братства в городах Украины и Белоруссии начали брать пример со Львовского. Приглашали в свои храмы только таких священников, кто не признал унии, создавали собственные школы: они возникли в Полоцке, Вильно, Могилеве, Киеве, Контантин Острожский содержал православную школу и типографию у себя в Остроге.