Людей забивали до смерти палками, бросали в реку Волхов, ставили на правёж, чтобы принудить их к отдаче всего своего имущества, жарили в раскаленной муке. Новгородский летописец рассказывает, что были дни, когда число убитых достигало полутора тысяч; дни, в которые избивалось 500 — 600 человек, считались счастливыми.
Частные дома и церкви были ограблены, имущество и продовольствие новгородцев уничтожено. Отряды опричников, разосланные на 200—300 км, творили грабежи и убийства по всей округе.
Число погибших неизвестно, современные учёные их считают от 4—5 (Р. Г. Скрынников) до 10—15 (В. Б. Кобрин) тысяч, при общем количестве населения Новгорода в 30 тысяч.
Точное число убитых в Новгородском погроме вызывает споры. Цифры, которые приводят современники, могут быть преувеличены и выше, чем число самого населения Новгорода (30 тысяч). Однако по всей Новгородской земле проживало гораздо больше людей, а террор не обязательно был ограничен непосредственно Новгородом. Сохранилась запись царя в Синодике опальным из Кирилло-Белозерского монастыря: «По Малютинские ноугородцкие посылки (задания) отделано скончавшихся православных христиан тысяща четыреста девятьдесять человек, да из пищалей стрелянием пятнадцать человек, им же имена Сам Ты, Господи, веси». Запись основана, как полагают, на документальном отчете Скуратова.20
Из Новгорода Грозный отправился к Пскову. В Пскове царь собственноручно убил игумена Псково-Печерского монастыря Корнилия. Об убийстве преподобного рассказывает Третья Псковская летопись, упоминает Андрей Курбский, а также «Повесть о начале и основании Печерского монастыря» (конец XVI века), которая гласит: «От тленного сего жития земным царем предпослан к Небесному Царю в вечное жилище». В царском «синодике опальным» Корнилий был помечен первым в списке лиц, казненных во Пскове. Его слуги также убили старца Вассиана Муромцева (с которым прежде переписывался А. М. Курбский), двух городовых приказчиков, одного подьячего и 30—40 детей боярских.
Царь ограничился только казнью нескольких псковичей и грабежом их имущества. В то время, как гласит предание, Грозный гостил у одного псковского юродивого (некоего Николы Салоса). Когда пришло время обеда, Никола протянул Грозному кусок сырого мяса со словами: «На, съешь, ты же питаешься мясом человеческим», а после — грозил Ивану многими бедами, если тот не пощадит жителей. Грозный, ослушавшись, приказал снять колокола с одного псковского монастыря. В тот же час пал под царем